孙策部队撤出余汗城后，刘晔迅派中郎将董袭带领一万招募步兵和五千初级步兵接管城池，骑兵和剩余人员在余水东岸扎营，作为后援、接应。
秦关驻守在赣水西岸，与南昌城隔河相望，为了长期围困孙策，便就地修筑一城池，命名为新建城。
中郎将纪灵作为南路的指挥官，驻守新淦县，何曼占领艾县后迅南下，驻守临汝城，暂归纪灵管辖。
廖化驻柴桑作为接应，并保证西路和南路的物资补给。
秦关忙于建城，刘晔也在余水河和昌水河之间规划了几座县城，正在积极招募东部山区内的山越人；两人知道，他们的主要敌人是董卓，没有必要与孙策硬拼，所以没有起主动攻击。
这让孙策非常郁闷，他本希望秦关来攻城，他可以凭借南昌坚城给予敌人杀戮，待重创敌军后好趁势反击；现在敌军反倒据城而守了。
幸好城内存粮很多，足够消耗一年的，众人皆不担心，只是官兵们看不到希望，士气有些低迷，且那些被强制迁入城的百姓，每日分的粮食不足果腹，民愤很大。
时间过的很快，三月很快过去；进入四月，豫章郡的天气便非常炎热了。
这边的对峙，董卓最是高兴，不管秦关和孙策谁赢了，他都是最大的赢家；最好是两家势均力敌，打个两败俱伤，他好坐收渔利。
孙策自恃武艺高强，城内安全，经常独身在城内或者城墙上巡逻，并借机思考问题，却不知道危险正向他逼近。
原豫章郡太守许贡被孙策击杀后，其门客四散而逃，大都躲在乡下，却时刻准备着为许贡报仇；这次孙策迁移百姓，便有多人隐藏在百姓中，被一起迁移到城内，其中三人还有幸被征召入伍，成为孙策的官兵，协助守卫城池。
这三门客都是游侠出身，素质较好，经过训练、选拔，成为弓弩手，这他们成功刺杀孙策提供了契机。
孙策给士兵的待遇较好，至少能吃饱，士兵对他也都很忠心，没有怀疑到有人会暗杀他，感觉城内非常安全。
四月中旬，孙策依然经常上城墙巡逻，许贡三门口摸清了规律，并做好了准备，等待最佳的刺杀时机。
一天傍晚时分，许贡三门客在城墙值守；孙策又来巡逻，护卫远远的跟在他身后，怕打扰了孙策的思考。
三门客突然暴起，挽弓搭箭便射，孙策边走便低头思考，突然感觉有危险，抬头观察；事突然，孙策在仓猝间，不及躲避，“啊”的一声大喊，面颊中箭。
许贡三门客继续射箭，必取孙策性命。
这时，后面的扈从听到孙策呼喊，快向前，将三个人乱箭射杀，救下受伤的孙策。
孙策身中多箭，面颊中箭颇重，身上其它部位因铠甲的保护，未成致命伤害。
不过在那个年代，在炎热的南昌，身受如此严重的外伤，神仙难医。
当夜，孙策便浑身烫，面部开始肿胀。
全力抢救，无果，五日后孙策在痛苦中死去。
临死前，孙策安排了两件事，第一，由弟弟孙权接管他的位置，第二，由黄盖统领城内之人，迅突围，与孙权和朱治等人汇合，然后离开豫章郡，前往交州，此后要远离中原，不再回来。