刺史被陈蒨按陈伯宗的建议充作了大州的副长官—通判，负责分理州务、监督刺史，防止刺史尾大不掉。
从官府吏，则是通过陈国官方在新设各州举行策论考试，择优留用。其中不合格者，亦可留做计吏，由官方供给衣食，帮助地方官府清查人口、田产。
陈蒨又下令在新设的六州新设州郡学校，收各郡县士族及庶人大家子弟入学，罢六州中正官。
并诏令自天嘉八年以后，将以学校科考的成绩来作为选官用人的参考。
这一系列的行政改制虽然看似十分剧烈，但由于只在陈国控制力最强的三吴及新取的淮南之地推行，是以各处固然有不少杂音，然而终究不能阻止新政推行。
在这之后，陈蒨又调整了淮南的军事防御体系。
以章昭达都督安州、程灵洗都督寿州、吴明彻都督徐州、黄法氍都督合州、华皎都督罗州。
而五都督之上，还有陈蒨在寿阳的皇帝行在，作为居中调度的最高军事架构。
到六月，南陈的江淮防御框架基本搭建完成。
其中，寿州置十三军，兵额三万九千，都督驻寿阳。
安州置十七军，兵额五万一千，都督驻义阳。
徐州置九军，兵额二万七千，都督驻淮阴。