因此商毅首先在纸上写下了三个时间点，今年、祟祯十七年六月、崇祯十七年十二月三个时间点。那么大体的准备工作，将分为这三个阶段完成。同时在毎个阶段，又分为军事和内政两个方面进行。
首先在今年结束之前，军事上要进一步扩充军队，现在商家军有五个正式团，两个特种营，另外在山东和浙江地区还新编制了九个新营，可以算为两个团，还有相当一部份预备军。
那么在最后两个多月里，要将全军扩大到八到九个正式团，适当可以编一二个师，两个特种营，也都要升级为正式团的编制。而扩制兵力的来源，主要还是预备军、辅军和原明朝的官军中选拔。另外可以根据昌国卫的俱体情况，开始筹备组建海军。
同时在杭州地区建立起兵工厂，实行所有武器自产化。并可以开始考虑造船项目。
在内政上，要稳定对目前所占的五个府的统制，建立以杭州为核心，基本建全的行政机构。并且开始寻找可以増加自己财政收入的途径。
在第二阶段。全军将正式组建师的编制，计划组建四到五个师的兵力。在山东战区的军事重心由穆陵关转移到登州，居民、兵工厂、作坊全都搬迁到登州。而穆陵关将作为一个粹军事要塞，可以设立一个独立团守卫。登州保证有一个师的兵力驻守。
在抵抗清军战斗的山东战区，将以登州为核心，穆陵关为辅助，注意联合山东地区的其他义军、明军共同对抗淸军。并在自愿的基础上，努力收编他们，扩大自已的力量。
而在浙江一线，各兵工厂都要开始运作，达到月产火炮四十至五十门，火枪五百至六百的水平。同时海军开始正式成军，造船计划开始施行，并建立登州与杭州的海上连系路线，保障山东一线的后勤供应。
內政方面，在浙江建立稳固的统治，可以适当扩展到周边地区，并且开始进行清仗土地，打击豪强势力，争取得到农民的支持。在适当的情况下，可以在一二个村庄试点，开始着手建立农村基层管理基础。
开避几条增加财政收入的途径，可以适当建立海外贸易，并加强战略物资的储备。建立学校，陪养人材。
在第三阶段。全军将组建六到八个师的兵力。在山东地区将保持二到三个师的兵力，并立足于山东登州，并分布形响莱州、青州等地区，形成山东抗淸的斗争区域。
而在浙江一线，并且根据当时的南明朝廷情况，做好迎战淸军南下的准备，海军形成初步的战斗力，可以实行近海的远航作战能力，不仅要保障山东一线的后勤供应，而且还可以适当主动出击，支援山东的战斗。
各兵工厂达到月产火炮一百门以上，火枪一千支以上的水平，以达到战争的需要。
根据当时的实际情况，可以开始考虑，占领台弯的计划。
内政方面，进一步加强第二阶段的结果。为淸军南下作好各种物资储备准备。