等庆贺胜利的几场宴会都之后，史可法立刻和商毅做了公务上的交接，这才准备返回南京。在离别之前，史可法对商毅道：“以恒，这次我回到南京之后，必会尽力扶佐天子，整顿朝纲、励精图治，积攒钱粮物资。你在江淮驻军，理当厉兵秣马，训练士卒，打造兵器，不仅要防范清虏再度南侵，而且还要积集淮备北伐中原，还都北京。”
商毅心里想着，史可法也未免太乐观了，道：“阁部请放心，只要有我在此守卫，决不会让清虏跨过淮水一步。他日北伐之时，必当身先士卒，收复失地，驱逐清虏，恢复中华。”
史可法也点了点头，道：“以恒，我相信你一定能行。我们都己是年过五旬之人，只有你正当少年，正是大有可为之时，以后大明若是真能中兴成功，当以以恒为第一功。”
商毅心中一动，道：“阁部之言，我自当铭记，不过我们虽然击败多铎的大军，但并非就安然无恙，何况自朝廷南渡之后，一直内乱不断，空自消耗。在下本是武将，不该论及政事，但事急从权，因此有两言，愿请阁部参详。”
史可法笑道：“为国家朝廷着想，又何必有文武之分，以恒有言，也旦说不防。”
商毅道：“虽然应该清除奸妄，但如今朝廷元气大伤，己是经不起大动荡，何况马氏当权，不少人是迫于势力，不得不曲意奉合，而且如今马士英己死，阮大铖己逐，主奸己去，从者还当以宽待为主，千万不可再兴大狱、作大逆案，处罚大众。”
史可法听了，也点了点头，道：“以恒之言，也深得我之心意。想不到以恒也有这一番见识，我也打算回京之后，只问首罪，不问从者，一切以稳定大局为主。”
商毅也笑道：“阁部能作如此之想，实在是朝廷的大幸。”
史可法道：“不知第二点是什么？”
商毅道：“马士英不顾先帝之仇，招安李自成。我料朝中必有人会重提此事，甚致会上书朝廷，兵征伐李自成。但现在李自成驻军武昌，却可以守住南京上游，挡住军。正是唇亡齿寒之理，因此还请阁部回朝之后，妥善处理此事，目前对李自成，还当加以安抚资助，使其为我所用。”
史可法怔了好一会儿，才苦笑道：“以恒所说虽然有道理，但李自成究竟是杀死先帝的罪魁祸首，朝廷又岂能与之共存呢？以恒的要求，也确实让人十分为难。”
商毅道：“事急从权，不可拘泥于常理。如今我们的大敌是清虏，而非李闯，就是要为先帝报仇，也不在这一时。而且现在李自成麾下尚有大军二十余万，如果为我所用，仍为一大助力，但若是相逼太急，使其全降清虏，又岂不是助敌之力吗。其中孰重孰轻，还请阁部三思。”
史可法又沉呤了好一会儿，才道：“以恒所说，确实有理，好吧，我回朝之后，必当见机行事。”
话说到这一步，商毅也不好在多劝史可法了，反正自己也做到仁至义尽，虽然商毅希望南明多撑几天，争取为自己腾出二三年的时间来发展，但到底能够怎么样，也只能是尽人事、听天命。毕竟现在的历史己经完全变了，商毅也不能根据己知的历史来行动，未来的一切也就都成了未知。
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