经过了两个多月的准备，把原计划组建海军第六分舰队的新战舰，也都大部份补充到长江舰队来，并且又增加了一部份士兵之后，长江舰队基本己经恢复到刚组建时的规模。
不过黄震等人在商议之后，决定将三个分舰队的编制又重新调整了一下，第一分舰队拥有三级巡洋舰二艘，四级驱逐舰十五艘，五级护卫舰八艘。共计战船二十五艘，主要是付责仍然足在长江入海口至南京段江面作战。而第二、三分舰队分别包括有四级驱逐舰二艘，五级护卫舰三艘。六百料以下战船十二艘。三百料以下战船二十艘。共计各有战舰三十七艘，主要是付责深入长江中游江面作战。
釆用了新的编制以后，第一分舰队虽然没有一次编制的战舰数量多，但却没有小型战船，实际的战斗力反而増加了不少。而第二、三分舰队的战船也有所增加，总计战船数量也达到了九十九艘。
听商毅介绍了目前的战局之后，黄震、何滨、易吉轩、南亚虎等四人也知道现在重新打通水路的重要性和紧迫性。不过在一次水败仗之后，整个长江舰队下都非常不服气，也憋足了一口气，一定要向清军把这个败仗讨回来，而且在这两个多月的时间里，全舰队都在努力的训练如何应对清军的火船进攻战术。
他们到是没有想到，报仇的机会这么快就来了，因此也都立刻向商毅表示，长江舰队己经完全做好了准备，这次出去，一定狠狠教训一下清军。报一战败仗的一箭之仇。
见到长江舰队的指挥官们并没有因为一战的失败而气馁，依然保持着高昂的士气和斗志，商毅也十分高兴，不过商毅也知道，光凭血气之勇是不能战胜清军的，而且在有的时候，战意过于旺盛，也未必就是好事，因此也问他们打算釆用什么样的战术来对付清军的火船战术。
黄震当然不会是只懂说大话，其实这两个多月的时间里，他一直都在思考如何应付清军的火船战术，并且和何滨、易吉轩、南亚虎都作过详细的研究和试验，这时也早己是胸有成竹了。因此一见商毅问起，立刻和何滨、易吉轩、南亚虎等人在模拟沙盘演试了一番。
看完了黄震等人的演试之后，商毅也觉得十分满意，按这样的战术，确实可以对付清军的火船战术，也可见黄震等人确实是下过一番苦功夫。因此也可以放心，于是商毅也立刻下令，让长江舰队再次出击，主动向清军发动进攻。
同时也和黄震等人商议决定，这一次长江舰队还携带一部份弹药武器物资出航，一但击败了清军的水师之后，就由第二或是第三分舰队立刻逆江而，将这些物资运送到湖北战区去。
领命之后，黄震、何滨、易吉轩、南亚虎等四人也立刻连夜出发，回到通州，准备率舰队出击。
当然要给南京制造压力，不仅仅只能依靠长江舰队的力量，在陆路同样也要对南京的外围发动攻势，才能造成足够的声势。另一方面也是为下一步收复南京做准备。
因此商毅又下令驻守常州的杨武丞，再次进攻镇江，而这一次可不是试探进攻，如果清军从南京来支援镇江，就在镇江府境内与清军对持，那怕与清军决战也再所不惜。
同时又命驻守广德州的成进率军出击，进攻宁国府。一但商家军攻下宁国府，南京就有被商家军完全包围的危险，因此这两路进攻，都是清军必救之地，也不怕多铎不调鳌拜渡江増援南京。
当然最关建的一战还是水战，如果商家军不能击败清军的水军，重新打通和湖北战区的水路联系，就无法向湖北战区提供支援，就算鳌拜部被调到南京，湖北战区的局面也就不容乐观。
因此双方的水军再次较量的胜败，也成为这一次的焦点之战。