“据观察，海逆驻狮子山的前锋镇戒备最松，那叫余新的敌将居然命兵士离开汛地到江边捕鱼，彼等一个个赤足短衫，连盔甲器械都不曾带，岂不是天助我等立功？”喀喀木呵呵一笑，见众人都全神贯注地听自己说话，凶狠地下令：“明日丑时初刻（凌晨一点十五分），梁化凤率麾下骑兵出仪凤门、管效忠领兵出钟阜门，其余诸将随后掩杀，冲击郑军营垒。此战有进无退，临战退缩者，斩！”
“嗻~”诸将齐声领命。
“嗯”，喀喀木满意地点点头，此次，他故意令汉族绿营兵打头阵，将满蒙八旗放在后面，是因为此前的镇江银山之战中，江南提督管效忠率一万五千士兵进攻郑军，其中包括约十个牛录的江宁满洲八旗，结果遇到郑军的重甲步兵和火枪兵，被杀得大败，满洲八旗四千多骑兵仅一百四十人逃回南京，整个驻防金陵的满军基本打光了。汉人死再多，皇上也不心疼，满人可是大清的根本，死得多了，皇上可饶不了自己。喀喀木深知这一点，所以此次令汉军绿营打头阵，将满军放在后面保存实力。
“杀~杀~杀~”冲天的喊杀声响彻在狮子山郑军汛地。
此时余新的部下还有相当多在外面捕鱼，大多数人来不及披挂就仓促上阵，很快便被清军击败，余新本人也被俘。初战告捷后，清军收兵在城外扎营。
“鼠辈焉敢欺孤！传令诸军往观音门附近集结，孤要以鞑虏之血血洗南都！”知道上当后，朱成功愤怒至极，身经百战的他何时受过这种窝囊气，愤怒之下，在观音山至观音门一带集结军队，准备同清军决战。
他令左先锋镇杨祖统援剿右镇姚国泰、后劲镇杨正、前冲镇蓝衍部屯扎山上，作犄角应援；中提督甘辉、五军张英伏于山内；左武卫林胜、右虎卫陈魁列阵于山下迎敌；自己督右虎卫陈鹏、右冲镇万禄在观音门往来策应；后提督万礼、宣毅左镇万义等堵御大桥头大路；右提督马信、宣毅后镇吴豪、正兵镇韩英由水路抄蹑其后；左冲镇黄安专门负责水师，防止清军由水上来犯。集中兵力决战固然没错，可此时清军已经出城扎营，命将士连夜移营准备决战，反而使部下处于疲劳状态，匆忙中也不可能熟悉地形，做好迎战准备。
次日晨，清军全力出击，靖南将军喀喀木、梅勒章京噶褚哈、玛尔赛、总兵梁化凤等率领主力由陆路出战；提督管效忠等领军由水路配合；总督郎廷佐等守城。清军先从观音山后分路进攻郑军杨祖部，斩杀杨部骁将蓝衍，攻上山头；击败杨部后乘胜以泰山压顶之势居高临下向郑军猛扑，俘郑军中提督甘辉、斩杀五军张英；接着，列营于山下的郑军林胜、陈魁两镇也全军覆没；随后，后提督万礼等在大桥头遭到清兵首尾夹攻，万礼被俘。
见陆师全线崩溃，朱成功只得命参军户官潘庚钟站在黄盖下面，自己率领亲随卫士赶往江边调水师。然而败局已定，有限的水师既要保护随军眷属，又要为撤退留下后路，再无力量扭转形势。清军乘战胜之威进攻朱成功的黄盖所在，潘庚钟力战阵亡。至此，南京之战完全失败。
二十五日，朱成功率领败军乘船到镇江；二十八日，主动放弃镇江、瓜州等城市，退出长江口；八月初四，郑军退到吴淞；初七，这位不肯服输的枭雄将兵船集中于平洋沙、稗沙一带，打算攻占崇明县城，控制长江出海口，以图下回再来。初十日，郑军攻打崇明，然而大败之后，军心动摇，部将韩英、王起俸被火铳击伤而亡。不得已之下，只得含羞忍辱，传令班师。
长江战役虽然以失败告终，却使清廷统治者闻风丧胆，也让各地的复明志士恢复了信心。此后，郑军退保金、厦，虽然有大海作凭仗，但“金门寸土，不足养兵；厦门丸城，奚堪生聚？”面对困局，这位国姓爷不得不将目光转向隔海相望的台湾。