“那伊库里倒是识相，乖乖地降了。嗯，便封他为叶尔羌参军府参军，调至叶尔羌任职，其部划归降将热介甫指挥”，苏勒坦刚接到军报，叶尔羌于阗总兵伊库里投降了。于阗可是六大回城之一、战略要地，不由得心情大悦。
事实上，叶尔羌之地北连裕勒都斯、吐鲁番；东接哈密、曲先；向南虎视乌斯藏；向西威慑布哈拉、哈萨克。得之，大大方便了自己攻伐雪域。至少不需要像以前那样绕道青海才能进入拉萨，直接由叶尔羌一路往南即可。
他一边命人在于阗东部的昆仑山区屯兵积粮，做着战争准备；一边着手巩固自己在叶尔羌的统治。
先是设立叶尔羌行省，任命文武官员。以自己的心腹罗卜藏为叶尔羌巡抚，替自己牧守此地；原喀什噶尔的伊沙噶伯克阿合奇颇有治才，任为承宣布政使；沙拉买提献叶尔羌城有功，又精通律法，委以提刑按察使；又以乌日根达赖为叶尔羌总兵、伊库里为叶尔羌参军。这个名单中，阿合奇、沙拉买提、伊库里均为土生土长的叶尔羌人，占了一半以上，充分体现出他以叶尔羌人治叶尔羌人的思维。
整个叶尔羌省设叶尔羌、阿速、乌赤、阿忒八失、英吉沙、喀什噶尔、撒里库儿、于阗八府之地。各省、府、县的官员，白山派、黑山派都有，掺以外地出身的官员，分而治之。
白山派的玉素甫和卓很不满意，他原以为自己会被任命为叶尔羌总督，掌管大权，不料却仅允许他自由传教，未授以任何官职。为了安抚其心，将叶尔羌阿勒屯寺赏赐于他作为礼拜之所。表面上是厚赏，实际上是让他离开白山派的大本营喀什噶尔，来到黑山派的根据地叶尔羌，便于控制。
战争中，一大批皇亲国戚、达官显贵被杀，腾出大量的无主良田。除了拨给降军屯田外，苏勒坦还赏赐给自己的心腹、辉特部大萨满少布大量的田地，让他在叶尔羌大建庙宇、发展萨满信徒。又布施给萨迦、宁玛、噶举、格鲁各派大量田地，允许他们建庙弘法。总之，他认为百姓的信仰越多，自己的位置越稳。美其名曰：信仰自由。
这些巩固统治的举动，引来各派的好评。拉萨南部宁玛派多吉扎寺法台曾给不巴境内宁玛派塔尔巴林寺法台写过一封信，称赞卫拉特蒙古辉特部珲台吉苏勒坦是一个“品德高尚的人”。与萨迦、噶举、格鲁等派都有自己的中心寺院不同，该派一直是各寺庙各自发展，没有抱团的僧团势力。不过因为开派祖师是莲花生大师，影响力却非同小可。
为了争取叶尔羌的民心，苏勒坦下令将死去的速檀阿黑麻汗遗骸送往汗王陵（阿勒屯麻扎）安葬。
听说汗要下葬了，叶尔羌城的百姓自发地排列于道路两旁，默默地祷告，为汗送行。
苏勒坦亲临并命阿合奇主持葬礼。他步入陵内，发现第一任叶尔羌汗国的国王赛义德汗的陵墓竟然是圆形的，状似茫茫草原上的蒙古包，带着草原游牧民族的浓厚色彩，不禁好奇地问：“此墓为何这么像咱们蒙古人的格儿（蒙古包）？”
阿合奇有着七窍玲珑心，自然明白珲台吉问话的本意，立即高声说道：“禀珲台吉，赛义德汗乃是察合台汗国的后裔、黄金家族的子孙，他的脉管里奔涌着蒙古人的血液，一生镌刻着蒙古人的图腾，其墓穴自然像格儿的样式”。
“我就说嘛，一到此处便感受到草原气息，原来蒙古人和叶尔羌人都是一家人啊”，苏勒坦感慨。