经过了千辛万苦，终于把村民们都迁移到了穆陵关。商毅首先下令，让所有参加了出征救援兖州的士兵们都休息三天。而关城的防务暂时仍由留守的人马驻守。并且又派出侦察队的士兵，到附近四外去打探清军的动态。
士兵虽然都休息了，但商毅还不能停下来，因为马上就要给迁进关内的村民安排住所。
商毅离开穆陵关之后，关内的建设施亠并没有停止，在唐镇的安排下，依然按原来的施工计划进行。城內的四条主干道以经全部建成，四个分区中，东南区的千总衙门和仓库都以经全部完工，千总衙门里的摆设家俱，也都安排了大部份，以经可以入住了。西南区的兵营和各个工匠作坊及操场的工程也临近尾声，可以交付使用。
而西南、西北两个居民区，以及东南区的民宅工程，仅仅只完成了临街的一排两层楼，其他的民宅还没有来得及动工，只是暂时在西南区的空地搭建了六百多个窝棚，这些窝棚虽然比不上房屋，但也能遮风挡雨，比住帐蓬还是强得多。
不过一大部份的窝棚都以经分给了先期搬进穆陵关的村民居住。而在西北区也还有数百个窝棚正在搭建中。因此这一次到达穆陵关的村民们，暂时都只能在操场和东南区的的空余地区扎帐蓬安居。
商毅决定，将千总衙门作为穆陵关的总指挥部，各级将领毎天都在这里聚集，商议军事。而周世奇和唐镇一家，都被商毅请到千总衙门里的后宅居住，因为后宅的位置不小，还是三层楼，商毅暂时也用不了这么多房间。
接着商毅将各区临街的那一排两层楼，优先分配给军队的将领，哨长家庭，以及工匠们居住，也给孙家兄弟的家属还有洋和尚阿科尼亚，都安排住在这里。而空余出来的其他房间也都用作医院、伙房、库房和备用房间。
随后就是安置村民，先前以经入住的就不动了，将剩余的窝棚全都分配给村民。当然现在也只有一小部份村民能够分到离棚，优先照顾最初三个村子的村民，而其余的暂时还是扎帐蓬安居。等新窝棚修好之后，再逐一分配。当然商毅也让工匠加紧修建，力争早曰让所有村民都搬进窝棚。
而在商毅出征之前，购买的粮食和各种物资也都到位，因此商毅也马上开始统计城里的居民、物资。才好做到心里有数，同时也是便于管理。
经过了三天的忙碌，各项数据也都被逐一统计出来。
加上从箕屋村迁移过来的人口，现在穆陵关中一共有一千八百八十三户，人口八千五百七十七人。以经大大超过了穆陵关原先设计容纳的人口数量。不过现在是非常时期，也只能尽量挤压地方。好在现在是隆冬季节，不易滋生疾病。同时山东的冬季，雨雪也不多，因此还是能度过去的。
于是商毅将人口进行了一次整理，按四十户为一个小组，以一户为小组长，付责管理整个小组；又以五个小组为一个大组，指定五个小组长中的一个为大组长，付责管理整个大组，分别登记造册。于是全城的居民共分为四十七个小组，九个大组，以后无论是分配食物、物资、住所，还是调动劳力，都将以小大组为单位。不仅方便，也便提高效率。
而现在穆陵关储备的物资有：粮食一万两千五百八十石，面粉一千七百五十石。白银有六万二千四百两，黄金一千三百六十两，其他的布料、木材、牛皮、棉花、食盐等物资，牛、猪、羊、狗、鸡、鸭等牲蓄家禽也都各有若干。
现在最重要的物资就是粮食，商毅估计了一下，目前关里的粮食差不多能够支付五到六个月，应该够坚持到这一次清军撤军。由于现在穆陵关的粮食是执行统一分配制，因此商毅也制定出毎人毎天的口粮标准，在正常情况下：士兵一天的口粮为一斤，青壮年妇女的口粮为十二两，老人为和十至十四的少年均为十两，十岁以下的儿童为八两。而到了战争的时候，则根据实际情况，另行补助。
同时商毅又对居民做出了三点规定，一、严禁打架斗殴，偷盗抢劫，一经发现，立刻逐出关去，决不轻饶。二、每天的饭食和饮用热水都由各组组长带领人手，统一到伙堂领取，各窝棚的居民的用火必须在露天指定地点进行，绝对严禁在家中点火，以防造成火灾，一但发现，处罚当天的饭食减半。三、禁止随地大小便，毎户都发给一个便桶，并指定位置倾倒，如果发现有人随地大小便，处罚每天收集便桶，清理粪便的工作。
同时商毅又组织了一支监察队，由少年队的士兵组成，每天就在城里巡察，抓到违返规定的人，立即进行处罚，并向全城公布。