就在武安业准备打海盗的时候，在西边，薛仁贵已经兵临高昌国。
起初，高昌王麴文泰听说唐朝已经发兵前来征讨时，还得意洋洋，自认为高昌沙漠天险，只要以逸待劳，坐收其弊，唐朝大军不足为惧。
然而当听到侯君集的大军已经穿过莫贺延碛，抵达碛口时，顿时开始忧惧起来，几天后被活活吓死。
之后薛仁贵随侯君集大军一战田地城，立先登之功。
攻破田地城之后，高昌国的国都就在眼前。
当时，西突厥派兵驻守可汗浮图城，妄图与高昌形成犄角之势。于是侯君集又命薛仁贵以本部兵马北出贪汗山，威慑可汗浮图城，牵制西突厥的兵力。
没想到薛仁贵给了侯君集一个惊喜。
驻守可汗浮图城的西突厥叶护阿史那步真见薛仁贵兵少，主动出击，结果被薛仁贵部全歼。阿史那步真也在逃跑过程中被薛仁贵一箭射死。
随后薛仁贵趁胜追击，杀到可汗浮图城下，城中留守见不可敌，开门投降。
此役之后，吓得西突厥乙毗咄陆可汗向西远遁千里。而继任高昌王位的麴智盛得知可汗浮图城被破后，深感大势已去，于是也开门投降。
在麴智盛投降的第二天，薛仁贵也带着本部兵马回到高昌城，向侯君集交令。
侯君集见到薛仁贵，大笑道：“仁贵不愧是卫国公的爱徒，真乃后生可畏啊，此次征讨高昌，仁贵当记首功。”
薛仁贵连忙谦虚道：“大帅谬赞！上有大帅运筹帷幄，下有将士同心用命，礼何敢居首功！”
侯君集顿时不悦道：“我们的军功都是在沙场上一刀一槊用命拼来的，该是谁的功劳就是谁的功劳，不要学那些虚伪的儒生。仁贵连夜从可汗浮图城赶回来，想必也累了，先下去休息吧，你住的地方我早就给你准备好了。”
然后让亲兵给薛仁贵带路。
薛仁贵跟着侯君集的亲兵走到城中一处高门大院前停下，疑问道：“这是？”
“这里是原高昌仓部长史的府邸，薛校尉就暂时住在这里吧。”亲兵介绍道。
“那此地的原主人呢？”薛仁贵皱了皱眉。
“他们自然还是住在这里，只是把主院腾出来给薛校尉借住。”那亲兵瞬间明白薛仁贵所想，笑道：“薛校尉不必顾虑，高昌乞降，前途难料，这些高昌国的高官巴不得薛校尉住在他们家里。像我们大帅，就是住在麴智盛的寝宫里，薛副帅则住在交河公的府邸，其他各部将领也大抵如此。”
然后这个亲兵又帮侯君集说话道：“高昌国在令尹之下，设有八长史。虽然这个仓部长史仅位在第四，但因为其掌管仓部，其府邸却是八长史中最奢华的。昨日阳翟公还想要这个府邸呢，不过大帅没给阳翟公，特意把它留给薛校尉。”
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