海军休整完毕，从古晋启航回国。
两艘战利舰分别命名为廉州号、雷州号，守序搭乘廉州号，与越秀号护卫舰另2艘通报舰北上琼州。
与马尼拉后续谈判地点在三亚，放在这里的原因是因为三亚与菲律宾纬度接近，在南风季，双方的纵帆快船取侧风横向航行往返较为便利。
联邦与西班牙在南海地区并没有不可调和的矛盾，甚至各有一些互补的优势。过去的战争更多是因为历史遗留问题，在神与黄金面前，双方很快找到各自契合点。
第二次谈判，西班牙驻菲律宾长官兼总武官、最高法院首席法官，俗称都督的堂迭戈法哈多派出官方正式代表，多明我会、方济各会继续作为双方引荐人和见证者。
特使是菲律宾大法院联席法官罗德里戈巴雷拉。在兼任院长的菲律宾都督之下，大法院有3位联席法官。菲律宾大法院不仅拥有司法权，同时有行政和立法权。
理论上，菲律宾殖民地受新西班牙总督区管辖，但因为路途遥远，新西班牙一般只发挥监察权，行政和外交实际是菲律宾都督自己做主。法哈多都督拥有与亚洲国家宣战、媾和权，当然他的决定必须向墨西哥城与印地院报备，不出意外都会被承认。
谈判期间，为表示诚意，守序召回了在婆罗洲北部，与苏禄人结盟的巴纳比，两国在事实上已经停火。
到第三次谈判，苏禄也与马尼拉停火。法哈多暂时无意在南方再扩张，马尼拉与和乐岛开启议和谈判。那是另外一个条约，与三亚和谈没有关系。
第四次谈判，双方立场趋向一致，最终条约如下：
一、缔约双方保证不单独或联合其他国家彼此互相使用武力、侵犯或攻击行为。
二、缔约一方如与第三国交战，另一缔约国不得给予第三国任何支持。
三、缔约双方决不参加任何直接、间接反对另一缔约国的任何国家集团。
四、双方以和平方式解决缔约国间的一切争端。
五、互派公使。
六、条约有效期为15年。
条约秘密附属议定书。
一、联邦承认西班牙在菲律宾的所有权益，范围包括苏拉威西海与苏禄海。
二、倘使双方在中国和朝鲜的利益受到别国侵略或因内部骚乱造成损失时，南洋联邦可采取一切必要措施，西属菲律宾应当使用包括但不限于经济在内的措施给予帮助。
三、双方互给无条件最惠国待遇，范围限于西属菲律宾与联邦本土、后江、古晋。
四、西属菲律宾向联邦贷款50万比索，年息5%，分6年偿还。资金用于向菲律宾采购粮食、硝石。
五、关于贸易的长期合作条款。
此外，守序默许马尼拉在棉兰老岛的权益，中止航向苏禄的军火船。
《三亚条约》包括拉丁文、西班牙文、中文三个签约版本。
守序与西属菲律宾全权代表巴雷拉签字。随从取出火漆，融化后滴在签名的左边，守序取出玉制的印章，重重按在火漆上。
换文，开酒。
巴雷拉举杯，“为我们共同的昌盛和荣誉。”
守序：“为自由贸易。”
“干杯。”
“干杯。”
晚宴，灯红酒绿，衣着华丽丝绸的女人穿梭在人群间。
守序四下看看，“法官阁下，我没看到教会的人。”
巴雷拉放下酒杯，有些哀叹，“马尼拉出了点事，教会的人来不了。”
在巴雷拉强装出的表情下，守序分明看到了幸灾乐祸，“哦，法官阁下，是怎么回事？”
“波夫莱特大主教使用主教视察权，剥夺了多明我会的一个教区，菲律宾五大修会254名修士集体辞职抗议，我们的教团实际上停摆了。”
“啊，那可真是遗憾。”
“确实啊。”巴雷拉嘴角已经忍不住浮上一丝笑意。
“你觉得哪边会胜利？”
“大主教阁下的地位当然是最尊贵的，但从未有哪位大主教可以与联起手来的5大修会对抗，所以结局显而易见。”
“大主教让步？”
“一定如此。”
在西班牙，行政官员与教会总是有些矛盾。面对菲律宾都督的王室视察权，大主教和五大修会肯定联手对抗。但当主教试图使用主教视察权时，教会内斗同样很激烈。这时，行政官员们乐得看教会的笑话。
窗外放起了焰火，士兵在欢呼和平到来。
守序与巴雷拉握手，“法官阁下，宴会后的活动已安排好，本地行政长官林奇先生会陪你到下半场。我有点事，先离开了。”
“请便，守序阁下。在你离开前，我必须要表达我对你盛情款待的谢意，希望有机会在马尼拉我的庄园中接待你，我们可以共同领略菲律宾的风情。”
“有机会的，法官阁下，再见。”
“再见。”
守序转身离开宴会厅，林奇接替了他的位置。
守序的副官陈上川连忙跟上来，“长官，巴纳比船长希望马上见到你。”