同为侍卫上直军，锦衣卫和旗手卫地位格外特殊，所以专门开个单章讲一下。
普遍来说，在大明军制之中，地方都司次于京营，京营又次于侍卫亲军，侍卫亲军中又以锦衣卫和旗手卫为尊。
以千户为例，地方都司仅为从六品，而京营千户则为正六品，侍卫亲军千户则为从五品，而锦衣旗手千户则为正五品。
需要特别说明的是，锦衣卫作为剥离出的专门情报机构，因其遍布全国编制巨大，所以其在京千户为从四品，指挥佥事为正四品，指挥同知为从三品，整体上比旗手卫要高一级。
下面，是关于两卫的相关设定。
一、锦衣卫
自仁宗嘉德年间以后，二百年来锦衣卫不设指挥使，南北二司各有指挥同知统领。
1、北镇抚司
【指挥同知】（从三品）
全面负责北镇抚司情报事宜，有案牍、消息、考选、钱帛四司直属，可直接向皇帝汇报情况。