成立大本营的目的是让天皇和他的高级顾问能控制战争的走向，以免像在中国东北发生的九一八事变再次发生，因为此时日本的军队有脱离控制的迹象。
金百合计划也是这个时候出现的，一九三七年，日本开始大举侵华，数以百万计的日本军队蜂拥到中国的东海岸，那里是旧中国最富饶的地方。
但是参与的军队如此之多，战线又那么长，日本统治者担心因为各指挥官争夺战利品而失去对钱财的控制，因为日本陆军和海军一直都有顺手牵羊吞没战利品的习惯，而且中日黑社会的相互勾结使局势更加的复杂，为了控制局势，日本统治者开始了‘金百合’行动，而且有皇室成员也是天皇的弟弟秩父宫专门负责。
在南京，‘金百合’计划的第一批执行者是宪兵队，被调来的宪兵队四处搜查，扣押所有中国政府的财产，炸开银行的库房、抢劫富家及中产阶级商人和专家的收藏，黄金，宝石，珠宝，艺术品和货币，只要是值钱的，一概收走。
自古”天下财富出于东南，而金陵为其会”，南京有着6000多年文明史、近2600年建城史和近500年的建都史，是中国四大古都之一，有”六朝古都”、”十朝都会”之称，是中华文明的重要发祥地，历史上长期是中国南方的政治文化中心，有厚重的文化底蕴和丰富的历史遗存。
虽然南京不是第一次被洗劫，但是这一次却是最仔细最系统的洗劫，在这一阶段，秘密宪兵共计搜到了6000吨黄金，另外还有无数中国人喜欢的小金块、白金条，钻石，红宝石，蓝宝石，艺术品和各种古董，甚至连农村的坟墓都挖掘出来，将死者镶嵌的金牙也拔掉拿走。
在这个过程中，日本人把他们精细的一面表现的淋漓尽致，主要体现在分工合作上。
‘金百合’另外的一个别动队，主要是由特务精英组成，他们的主要目标是银行老板、行业协会的首领、连锁当铺的老板以及帮派的老大，这些人的身份，住址，家人分布情况，早就提前做了仔细的调查。
日本人极为重视细节的另外一个重要例证是，当时还有一支经过精心挑选的，对珍贵书籍和文稿具有专门知识的特别行动队，其中一些是日莲宗的和尚，他们的任务是在中国的图书馆、博物馆、私人藏书或是寺院的藏经里挑选这类书，然后把这些珍本运到东京，而这一切都在战争开始前就已经做好了准备，这些掠夺者早就在中国四处游历，和私人收藏者做朋友，编制了最珍贵书籍和文稿的目录，到时候只需要按图索骥即可。
南京大屠杀后，有大概一千多名这样的日本专家来到南京，在南京的废墟里挑选珍贵的书籍，最珍贵的专门挑出来供天皇使用，日本的皇家图书馆有优先挑选权，每一件东西都会被仔细的编号、打包，然后放入到防水的箱子里装船运往日本。
这部分书籍和文稿一部分用来建立东京的东亚研究所，东方文化研究所，东亚经济研究所，大东亚图书馆等其他研究机构。
这些文化财富被存放在日本皇宫、皇室宫内厅、靖国神社、早稻田大学、东京帝国大学和庆应大学等地方，虽然战后中国学者要求归还，但是这些书籍超多三百万册，日本人只归还了十六万册，不到百分之六。