正常的完整的一颗核桃，如果掉入水中，漂浮在水面上，那么，当核桃稳定下来后，核桃的芽眼的位置，一定是在核桃的一侧。芽眼与核桃尖儿组成的一条直线，是与水面接近平行的，如果核桃在水中摇晃，那么一般都是围绕这条轴线旋转。
当蚂蚁们钻开芽眼，将之作为核桃船唯一的出入口之后，这样一个漂浮状态，就会导致出入口距离水面太近，稍微有点风浪，就会让船只进水，这对船只和里面的船员来说是致命的。
蚂蚁们没有什么有效的排水手段，一旦积水过多，船只自重大于浮力，核桃船就会沉没。而积水本身也会对不喜欢水的蚂蚁造成威胁，一滴水珠都可能要了蚂蚁的命——蚂蚁们一旦呗水珠困住，就很难摆脱水膜的表面张力。
在平静水湾里的试航行中，就暴露了这个容易进水的隐患，好在水湾比较平静，附近又有大量蚂蚁照应，试验船上才没出现什么损失。
想要避免进水，就要让出入口远离水面。人类世界的船只，无论是帆船还是后来的蒸汽动力船，通往船舱的通道都是开在甲板上冲向天空的。
主角也想借鉴这个设计，不过这就需要改变核桃在水中的重心，才能让核桃在水中“倒立”起来。
办法倒也简单，在核桃内部核桃尖儿的位置，放置并固定一些压舱石，就能让核桃在水中保持“倒立”的芽眼冲天的姿态。而且压舱石也能在一定程度上保证核桃船的姿态稳定。
在试装了一些压舱石并用蚁胶固定在船内后，蚂蚁们还按照主角要求，在核桃船朝上的出入口上方，用木材等搭建了一个斗笠状的小防雨棚，遮蔽住出入口，这样即便有小雨船舱内也不会进水。
万一出现一些进水，那就只能靠蚂蚁们用大颚将水分割成小水珠，再搬运到船外丢弃，这是非常简陋低效的排水方式。
这艘改造后的核桃船的再次试航中又暴露了新的问题。核桃船在水中由“卧姿”改为了“立姿”，虽然避免了进水问题，但船只重心的姿态的改变，导致现在的船只非常不稳定，有些较大的风就会剧烈摇摆。
毕竟，这些核桃都天然长成了长椭圆形，“卧姿”状态下相对稳定，就算摇摆也是顺着核桃尖儿和芽眼的轴线翻滚，不容易倾覆。但在“立姿”状态下，轴线与水平面垂直，在外力作用下，核桃船就容易剧烈摇摆起来，这对于航行安全也是个隐患。
主角带着科研组研究的应对办法就是给核桃船加上平衡木。
这种设计类似人类古代独木舟的单边架设计。最原始的独木舟是单体式独木舟，即一艘独木舟不添加其他结构部件，但是，使用单体式独木舟航海，抗风浪能力差，较易侧翻倾覆。
而单边架式独木舟，就是在独木舟的一侧，增加了一根同向浮材，并通过横杆与独木舟连接，单边架独木舟稳定性非常好，行驶平稳，在风浪中横摇幅度很小，具有很好的抗风浪、抗横摇侧翻的能力，可用于长距离航海。
古代波利尼西亚人甚至用这种独木舟几乎征服了太平洋，殖民到各个距离甚远的岛屿上。
核桃船的边架就是一根大约有人类世界铅笔粗的木棍，被通过更细的约莫牙签直径的木棍，用纤维捆绑和蚁胶固定在了核桃船一侧。
经过改造后，现在的核桃船也基本克服了侧翻和摇摆问题。