在隔离措施实施的两天里，并没有蚂蚁违反禁令，但依旧无法切断传染途经后，主角认识到：这种瘟疫可能并不是只有接触患者才会被感染，又或者是有一个潜伏期。
事情变得棘手啦！
主角让健康的，至少是目前看上去健康的蚂蚁，紧急施工，在[新杨城]附近修起了几座小巢，与主巢并不联通，储备了部分食物，让还健康的唯一的蚁后，大部分雄蚁们和负责照顾的工蚁住了进去。
如果疫情不受控制，他至少保留了一些种子。
主角也住了进去，这种奇怪的真菌瘟疫他自己也感到害怕。
留在大巢穴里的雄蚁负责按照主角的指令一边防疫，一边寻找传染源。目前除了隔离之外，蚂蚁们只能日复一日的用火把烘烤安全区的巢室，希望能够用高温杀死看不见的传染源。
最早患病的几批蚂蚁被反复询问，所有信息汇总后交给主角分析。
终于，主角发现了一条重要线索——绝大部分早期的患者，都是在[新杨城]地下巢穴的偏东侧的上半部分居住或工作的。
蚂蚁们的地下生活很有规律，除了居住的巢室，他们一般醒来后只去工作场所，并不乱窜。
主角急忙分析这一区域居住和工作的蚂蚁的主要职业，发现这些患者的职业虽然很复杂，但超过半数都是养殖场的饲养员或相关岗位。
再进一步深入调查，主角发现大部分患者也都与养殖场或饲养员有直接或间接的接触。
主角立刻让一些蚂蚁多打火把，去到养殖场仔细检查，并把信息包传递给自己。
果然，在养殖场中，主角发现了罪魁祸首的痕迹。
这些真菌感染了部分黄粉虫，在墙壁上也发现了菌丝存在的痕迹。
考虑到故土时期的所有养殖场都没有爆发过这种疾病，主角猜测这种真菌瘟疫的传染源是当地的特有菌种，而潮湿的地下环境更是让真菌得以有了最合适的环境。
养殖场的湿度比其他地方更大，整座[新杨城]地下都偏潮湿，尤其是在最近的洪水季里，地下水位大幅上升后尤甚。
蚂蚁们居住的区域还靠近燃烧室或烟道，相对干燥些，这些养殖场就根本没有啥除湿措施。
墙壁上的土，似乎攥一把就能出水，这里的黄粉虫有不少都有被感染迹象，但并不像蚂蚁那样菌丝冒出体外，只是甲壳颜色略微发绿。似乎这种菌对于黄粉虫来说并不致命。
这种情况很正常，有的病毒对于一些家畜或宠物来说并不致命，但一旦传染给人类就很危险。
也许，这种真菌也是从黄粉虫体内突变后，然后开始传染给蚂蚁们的。
觉得找到源头之后，主角下令杀死了全部养殖的黄粉虫，然后用火仔细烘烤养殖场，确保杀死残存的菌根与孢子。
这些黄粉虫尸体也需要处理，由于担心尸体掩埋后还具有传染性，而燃烧室的火堆显然也无法短时间内火化这么多尸体，寻找燃料建造新的火堆又需要大量蚁手。
主角干脆下令把尸体全部丢进清河里，至于会不会感染沿河其他蚂蚁，已经不是他考虑的范围了。
他不是圣母，他选择尽可能保住更多自己属下的性命。