1916年，兄弟两人的关系开始有了冲突。袁世凯撤销帝制后，由他任命的奉天督军段芝贵成为人们惩办帝制祸首之一。张作霖提出，让冯德麟和二十八师扮黑脸，和段芝贵正面冲突，自己扮白脸使暗劲逼他畏罪逃走。段芝贵被洗劫一空回京后，在袁世凯面前对冯德麟没有一句好话，同时大赞张作霖。没过多久，袁世凯就授张作霖奉天军政实权，冯德麟被任命为军务帮办。1917年6月，张勋致电张作霖和冯德麟两人进京，密谋复辟大事，但是张作霖敏锐地判断出复辟胜算几率太小了。冯德麟作为东北的全权总代表，带着200个卫士进了北京支持复辟。
1917年，张勋复辟，冯德麟亲自去北平赞助。张勋复辟失败后，冯德麟在天津被段祺瑞所部逮捕。后在奉军二十七师师长张作霖的周旋下，段祺瑞释放了冯德麟，并任其为总统府高等侍从武官。后来，冯德麟回到奉天，任“三陵督统“，即为皇家看守东陵、北陵、永陵的大臣。
冯德麟下野之后，开始从事工商业建设，不但在北镇创办了中医院，还成立了大冶铁工厂，并且逐步引导儿子冯庸放弃高官，脱离军界。冯德麟自从下野之后，没有大事基本不去沈阳。但是一旦去沈阳见张作霖，必在长袍马褂的袖子中藏一支枪。
民国十五年1926年8月11日，冯德麟心脏病突发，死于北镇，终年59岁。
1926年，冯德麟因心脏病突发在北镇大宅病逝，这件事也是当时奉天的大事，以张作霖为首的官员，在北镇举办了七七四十九天的葬礼。在过去，南门是凯旋门，打了胜仗、举办庆典才能走，自明朝大将李成梁之后，冯德麟是几百年来从南门出殡的第一个。冯麟阁“沉着诚实远甚张作霖，刚毅勇武胜过汤二虎“。比张作霖年长9岁，在他面前，冯德麟一直以长辈自居，张作霖也一直对这个大哥敬重有加。无论冯德麟提出什么条件，张作霖都没有当面翻过脸。冯德麟也经常以老大哥的姿态训张作霖，张作霖一一忍耐，甚至笑脸相迎，从不争辩，所以这两位老帅虽然都有兵权，却从未兵戎相见。
冯德麟去世后，冯德麟的长子冯庸拿出冯家几乎全部家产，着手创办了冯庸大学。
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