福建巡抚南居益、新任浙江巡抚洪承畴及两省兵马，由熊廷弼指挥。
北线为王宏宇，以南直隶、山东和天津的兵马，遥为支援、阻敌增援、断敌后路、威慑倭国、声援高丽反抗者。
英国公张维贤、直鲁总督韩浚不直接隶属王宏宇指挥，但是明确诏令配合王宏宇出力支援。登来巡抚袁可立、总兵沉有容等都归王宏宇调遣。
这次的军事行动南北两线同时发动，南线首先登陆对盘踞宝岛南部尼德兰占据的热遮拦要塞进行围困；北线首先断掉倭国大军的后路，并且截断倭国的补给线。
南线方面俞咨皋的福建水师，先保障澎湖的海上通道，运送兵力和物资于澎湖。
提起俞咨皋，首先必须介绍其父俞大遒。
俞大猷明代抗倭名将，军事家、武术家、诗人、民族英雄。
俞大猷一生几乎都在与倭寇作战，战功显赫，他所率领的“俞家军”甚至能将敌人吓退，与戚继光并称为“俞龙戚虎”，扫平了为患多年以及趁机作乱的伪倭寇。