出了国门的大明兵马，以及即将执行出国门征讨、维护、巡查、警戒、护卫的兵马，都受征讨都督府统辖。
征讨都督府之下，才是听兵部和所属的总督、经略府。
实际上也没削弱兵部文官们的职权，而是将职责划分清晰。朱由校的目的就是斩断内阁干预军事的一只手，内阁的另一只手还掌控着兵部。
兵部的军权明确在国土以内、还在文官统辖范围内。出征到了国土以外，外面哪有大明的文人世子？当然不能继续给文人士子妥协，还听他们的。
但是英国公张维贤担任了内阁顾问，兵部的权利就不再是文官全部说了算的一手遮天局面了。总之朱由校的两个任命既提高了武将的地位，又削弱了文官掌控军权的份额。
所以出了国门征讨的大军，大明皇权以下，要先听征讨都督府的将令，而不是被文官羁縻，也提高了武将的决策权利，同时减少了武将因文官干预贻误战机的可能。