就在交通运输解决秦军的后勤补给的时候，秦军的二十万军队整编工作也在紧张有序的开始了。
二十万军队开始按照尚文的提出的军，师，团，营，连，排，班制度建立。这些编制采用常见的三三编制。这些是步兵师的编制。同时，从北方开始抽调一些骑兵迅速的返回。逐渐快速的组建起一些骑兵单位，这些骑兵单位主要以旅的规模出现。旅下设两个团。外加一个特别加强快速炮营。
编制的采用，跟随的就是大量的新式军官的及时补充。新式军校内的军官被大量提前毕业，除留下部分教官以外，开始大批量的担任最基本的军事主官。有限的人数，加上庞大的改编军事数量。使得军官成为可贵的资源。
为了提升一些军官。以及保证原有军功制度的延续。秦军开始实行严格的军衔制度。士兵，军士，尉官，校官，将官。五级制度。分别针对不同的群体进行了细致的划分。
士兵被分为列兵，为授衔，士兵用一条上杆表示。一等兵用一条上杆加一条下弧线表示。接着是士官，两条上杆。中士三条三杆。上士，两条上杆加一条下弧线。一等军士三条上杆加两条下弧线。军士三条上杆加三条下弧线。一等军士长，在上杆和三条弧线，中间加上特别的标志。通常使用五角星，或者是三角形表示。
尉官，少尉是军校服，并没有特别进行特别的授衔仪式，中尉。原来的职位是御林军中的高级指挥官，但是现在成为军中的骨干指挥力量。中尉使用一条竖杆表示。上尉则是两个。
校官分为三级。分别采用了铜质圆盘，和打磨发光的铁质圆盘分别表示。上校则采用了秦军特殊的玄鸟作为表示。
准将作为一个特殊指挥官而出现。他们大部分被选派为参谋官。或者是骑兵旅长的长官。使用一颗星来表示。
少将中将上将分别采用了两颗到四颗五角星来表示。
等级之间的晋升由参谋部来负责。同时他们也开始详细的将军中发生的事情进行详细的表述。这是他们提升军官的依据，渐渐的这个部门将积累起庞大的作战资料。这些作战资料使秦军收益匪浅。
不过，这些制度的建立，并不代表着秦军就可以立即投入作战。缺乏新式武器，还是这支军队面临的主要问题。军工厂生产的武器优先提供给北方。他们只能使用大量的木材当做武器进行操练。只有军士才能拿着火枪进行教习。但是士兵依然很高涨。因为他们身上穿着的是新式军服，和很有前景的晋升制度。以及每月五十个半两的军饷。。