公元1021年，哈基木被暗杀，其子扎希尔继位（公元1021―1035年）年十六。与东罗马皇帝君士坦丁八世约，罗马皇帝许以东罗马境内各清真寺中提念哈里发名字，许重建君士坦丁堡清真寺，而哈里发许重建圣陵教堂。
公元1035年，麦阿德?穆斯坦绥尔（公元1035―1094年在位）以十一岁登基，其母为犹太人所卖犹太女奴，与该犹太人摄政。在位六十年，国势迅速衰落。公元1043年失叙利亚于塞尔柱突厥。北非西部、西西里岛亦失。所可道者，唯公元1058年，原巴格达将军白萨西里强迫阿拔斯朝哈里发嘎义木把职位的各种象征（包括先知的斗篷和别的遗物）转到开罗，各地穆斯林开始奉开罗哈里发为正宗。
11世纪后期，法蒂玛王朝开始衰落，大权落于亚美尼亚军人白德尔?哲马利手中。公元1094年，穆斯坦绥尔死，白德尔之子麦列克?艾弗德勒立其幼子穆斯台阿里。其**廷政变频繁，军人擅政，幼主频立，国家掌握的土地日趋缩小，财政收入窘迫。王朝军政大权落入大臣和马穆鲁克禁卫军军官手中。军队统帅控制国家大权，官制发展为世袭制，哈里发处于被保护的地位。各地总督割据，税收锐减，国库空虚。伊斯玛仪派内部分裂，波斯、伊拉克和中亚地区的伊斯玛仪派断绝与法蒂玛王朝的联系。突尼斯和阿尔及利亚相继脱离王朝控制。
公元1096～1144年间叙利亚和巴勒斯坦大部分属地先后被塞尔柱王朝和十字军占领。公元1071年，诺曼人占领西西里岛，并蚕食了非洲大陆一些土地。十字军入侵埃及后，西亚赞吉王朝素丹**丁应法蒂玛王朝末代哈里发阿迪德之请，派部将希尔库及其侄子萨拉丁率军往援。公元1171年萨拉丁推翻法蒂玛王朝哈里发阿迪德(公元1160～1171)，自立为苏丹，灭法蒂玛王朝，建立阿尤布王朝，从此在埃及恢复了伊斯兰教逊尼派地位。
法蒂玛王朝继承和发展了阿拉伯东方伊斯兰文化，奖励科学研究，发展教育事业，文化发达，学术繁荣。公元972年在开罗创建爱资哈尔清真寺，并发展成宗教大学，世界各地学生来此求学，人才辈出，成为伊斯兰教什叶派宗教及学术文化中心。哈里发阿齐兹在开罗建立了皇家图书馆，藏书达20万册，收藏有大量各种文字珍本，仅用金泥书写的《古兰经》就达2400册。
公元1005年哈里发哈基姆为传授和宣传什叶派教义，弘扬伊斯兰学术文化，创办了科学馆(daral－hikmah)，延聘各地著名学者进行学术研究，其领域包括宗教、哲学和自然科学的各学科。并附设学校、图书馆和天文台，其附设的学校专门培养什叶派宗教学者和官吏，除宗教各学科外，还设有医学、天文学等。天文学家伊本?优努斯、光学家伊本?海赛姆等皆在此取得科学成就。王朝文化名城开罗、凯鲁万、非斯与巴格达齐名。
在宗教上，伊斯兰教得到进一步传播和发展。王朝在各地修建了大量清真寺，均附设宗教学校，派出传教师和法官到各地传播什叶派教义、教法，主持宗教事务，哈里发下令在各地清真寺聚礼日为阿里和哈里发祝福，并严禁饮酒、音乐和娱乐，在经、训研究上，强调其隐义，并按什叶派观点阐释教义和教法，形成巴颓尼叶派(内学派)，在王朝末期从伊斯玛仪派中分化出阿萨辛派。对基督教及其他异教徒多采取宽容政策。
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