大力推行新式健康生活运动，推动这一切的基层单位依旧是以卫所为核心。
普通的县乡官府，在执行力度和对天启朝廷的政策理解方面，都不如卫所力度强、理解深。
朱由校各种政策最大的基层单位也是卫所。
卫所的集体经济是朱由校推动工业的基础，
包括农业改革也是一样，大规模推广玉米、土豆、红薯、辣椒等美洲作物，一般小农远远不如卫所的集体农场敢大规模投。
这次的卫生运动也是，需要半脱产的人员学习，卫所再次成为新式卫生健康生活的推动者。
卫所率先开始大力支持沤肥，沤肥又称草塘泥、醚肥、窖肥等。
集中整个卫所几万亩的植物性材料为主添加促进有机物分解的物质在淹水的嫌气条件下沤制而成的有机肥料，适用于南方水网地区或北方雨季积肥。沤制材料与方法却大体相同，都是以秸秆、杂草、落叶、绿肥、稻草和生活垃圾为原材料，混入一定量的人粪尿、厩肥、河塘泥等，在坑中淹水沤制而成。
有机质在嫌气条件下腐解，腐殖化系数较高，养分损失较少。为富含有机质与多种营养元素的有机肥料，肥效持久，迟速兼备。
一般作基肥，也可作追肥，配合速效性氮肥使用，具有培肥改土的作用。为华夏南方稻区，特别是长江中、下游的水网圩区和西南的冬水田中较广泛采用。
像西北、漠南严重缺水的地区不少农户干脆不砌筑旱厕挡墙，因此上无法沤肥，粮食产量当然很低。
饲养家畜垫圈将牲畜吃后残留的废草与屎尿用土在圈内覆盖，定期掏圈在院外堆放，再用土覆盖，这也是北方农村沤肥的一种办法。
沤肥是农村主要的积肥办法，沤肥尤其是南方肥料的主要来源。
卫所可以集中资金，提供用毛石或砖砌筑旱厕挡土墙和坑底，并且用水泥砂浆座浆，计划在五年内完成。
还要为农户提供院外沤肥挡墙和铺地费用，这两项投资耗资巨大。
卫所有公立学堂在新医家和新式教材的培养下，各个卫所的千户所就有十几个受过基本普通医疗教育的学员。每个卫所均有技术人员亲临村庄宣传与指导，卫所的这些初等医疗人员还可以不仅在卫所从事医护工作，还可以轮流在每个自然村都有一个半脱产“赤脚医生”。
“赤脚医生”负责一个村庄的治病与卫生管理与宣传工作，“赤脚医生”由卫所进行经济补贴，小病在“赤脚医生”的医治范围内医药由卫所报销，大病由县府所在的医院医治，医药费实行补贴与自费相结合。
但是部分农民因为劳动力紧缺或者懒惰不能坚持每天垫杂土与杂草，不仅起不到沤肥作用，夏季还严重污染，旱厕与牲畜圈成了苍蝇的孳生地。
为此“赤脚医生”进行卫生宣传，着重宣传了苍蝇的危害与防治，并且负责监督检查。
苍蝇传播疾病的方式主要包括以下几种。
通过足部传播：苍蝇在垃圾、粪便等有机物上停留时，其足部和身体表面会沾染上各种细菌、病毒、寄生虫等病原体。
当它们再次落在食物、水源、人类或动物身上时，这些病原体就会被转移过去，从而导致疾病的传播。