平叛早就准备充分，所以叛军声势大、人员多，但还没来得及大破坏就被剿灭。
京军征讨兵团、保定军、蓟镇军、京军宪兵军团总计三万五千平叛大军，与八月中旬抵达山东开始平叛，迅速横扫山东、两淮大运河两岸。
清剿白莲教驻守在兖州、曲阜、郯城等地的余部，很快控制了山东境内大运河两岸的广大地区。
并且协同山东各地营兵、卫所兵对德州、彬州、淄博、潍坊、济南、泰安、临沂、济宁、菏泽、枣庄、两淮地区进行拉网式的搜索、缉拿。
这次是三万多平叛军与地方营兵、卫所兵、地方政府联合行动，张维贤、王在晋、洪承畴领衔，从济宁新提拔上来的山东巡抚安、济南府总兵起到了重要作用。
政府官员，驻军营兵、卫所兵出现了许多表现良好的官吏、军吏，这些人都被登记在册作为提拔的对象。
也有隐藏白莲教首领及其盐商叛匪的官员被抓获，对于隐藏在百姓家里的叛匪，经过宣传、举报、监督、奖励、严惩等措施逐渐被发现一一抓获。
通过稽查发现白莲教众有成片性规律，家族性、村镇性、裙带性、地区性比较严重，自然包庇隐藏成了普遍现象。
参加叛乱的白莲教只是少数，没有参加叛乱的白莲教教徒在山东就有几十万，这些人可以说是受害者。
朱由校的对策是：对他们进行监督改造，如果继续危害社会就格杀勿论。如果他们包庇叛乱分子，就抓去劳教。
捉拿白莲叛军、大盐商、大地主、一批官吏，主要头目百余人。
一个月扫平十三万三千白莲教与盐商叛军，杀敌1万，自损500。
俘虏超过10万，还有三万多叛匪不知下落，有些人跑到山里去了，也许会成为土匪，还需继续追捕。
也有人跑到河北去了，更多的跑到两淮盐场煮盐去了，也有的去做苦力给外地地主当长工去了。
追捕工作任重道远，这些人均是社会不安定因素，必须肃清。
缴获粮食500万石，盐、白银、衣物、木材等。还有盐商在运河两岸、两淮的产业均要成为劳改犯安置的场所。
这次的收获远比京城平叛抄家大得多，关键是大运河成了南北方产业升级的桥头堡，将来的作用不可估量。
时间已至九月中旬，朱由校立刻让征讨兵团开赴登莱，保定军、蓟镇军继续追查逃犯，南京也派兵北上控制局势。
半月前一半京军驻扎军团已经去天津渡海了；再半个月后保定军、蓟镇军就要就要从天津渡海了；一个月后自己就要带着京军宪兵军团在天津渡海了。
海船把人运到三岔河入海口再换船，内河逆水行船慢，运输能力有限，许多人必须半路下船步行走二百里到四百里到沈阳。
朱由校继续南下，坐镇扬州处理好两淮、扬州的重新整顿事宜。
这就是挟大胜之威，让江南接受自己的改革。
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