因为补给问题雷尔生的军舰退走了，又派海盗与倭国海盗及海贼李旦为伍扰挠，南居益派人招降李旦，尼德兰海盗头目高文律恐惧，派使者前来讲和，南居益斩了来使，有联系浙江在镇海港筑城防守，海盗感到穷途无路，就乘船逃走。
南居益、俞咨皋又派人擒获盗首高文律，海患平息。
孙承宗坐镇南京，调动江浙的财力让南居益加强漳州、泉州港口建设，修筑炮台、制造战舰，加强海军建设。
孙承宗还按照朱由校的命令在宝岛中西海岸、宝岛北海岸修建港口。
后续还要在宝岛西海岸平原建设要塞、修建道路，将宝岛西部平原的道路开通，逐渐从福建移民过去建立村镇。
西部有五条从南北纵横的山区延伸到西部狭窄平原的主要河流，还有一些小河流。宝岛的耕地主要依靠这些河流灌溉。充分利用好河流灌溉，能够保证移民、驻军和岛内土民的粮食供应。
朱由校计划大力开发西部沿海平原，为宝岛提供生活保障。
中部有一个土著国家，称为大肚王国，大肚王国是由五个少数民族组成的松散王国，他们居住在中部密林中，没有文字。
大肚王国与福建人往来密切，与明朝还没有官方往来，但是只要不影响他们的正常生活，不侵占他们的地盘，就不排斥明朝向宝岛移民。他们希望明军进驻宝岛，因为一直有倭寇登岛劫掠，最近几年还有红毛鬼登岛抢劫。
南居益已经派人与大肚王国取得了联系，还带着福建商人与大肚王国进行贸易，并且送给他们许多生产工具，受到了大肚王国的欢迎。
不过冬季又有许多尼德兰海盗船出现，这次来的海盗船规模很大，远处还有尼德兰军舰掩护，专门劫掠福建商船与渔船。
年前年后尼德兰海盗出现频率加快了，并且继续骚扰劫掠渔民商船。
据被渔民救回的福建商人汇报，他们的几艘商船遭到了尼德兰海盗炮击后被劫走，几船从南洋运回来的货物全部被抢走，船上的人全部被杀死扔到海里，他们几个水手水性好逃掉了，如果没有遇到福建渔船他们会被鲨鱼吃掉。
俞咨皋联合浙江海军击退了有尼德兰海军掩护的海盗船，但是尼德兰海军舰载炮射程太远，福建、浙江海军的舰载炮根本打不到敌舰，还损伤了几艘老式战舰。
尼德兰军舰用的是软帆，比明军的硬帆战船速度快多了，在大海里根本追赶不上，眼看着尼德兰的军舰掩护着海盗船撤退毫无办法。
朱由校只能加快建设东海舰队、南海舰队、大型风帆战列舰和舰载大炮的步伐。
孙承宗也只能调动资源，加快港口、要塞、炮台、道路的建设。