卢象升山西、陕西两省巡抚，加兵部左侍郎职。
朱燮元升四川、云南总督，加兵部左侍郎职。
曹学佺升贵州巡抚。
洪承畴保留军机处次席大臣职位的同事，加职广西巡抚。
这是正常职位提升，此外还有一些新机构的设立和新机构职权地位的明晰。
大明皇家科学院之前一直在做各种研究和学问整理，朱由校将皇家科学院升级到正三品，地位仅次于六部都察院，与大理寺、通政使司一样成为六部四院。
皇家科学院直属皇帝管辖，内阁监管，所以虽然是正三品，职权不如大理寺、通政使司，但地位之荣耀隐隐在这两院之上。
徐光启在保留工部左侍郎职位的同时，担任大明皇家科学院院长。
张名世、王徵担任副院长，毕懋康、宋应星、徐霞客等都在此任职。
其余文官以及朱由校京试的前十三名文官：文震孟、傅冠、陈仁锡、方逢年、张天麟、汪乔年、王铎、祁彪按照之前职位计划升职。
卢象升已晋升巡抚，倪元璐、黄道周、张国维三人已经晋升高丽行省官吏。
有人荣耀升职，也有人悲惨论罪。
朱由校这是告诉大家，他的用人是赏罚公正，绝不会姑息那些祸国殃民的罪臣。
高丽行省大罪的三人中，东林党头目高攀龙无药可救、死不改悔，就是死硬石头一块，能力人品在东林党里都是中下。
这人罪责三人中也是最大，肯定论罪当斩，抄家。
汉城知府阮大铖接受高丽反对派的贿赂，几乎是投敌之罪，关键是他没能改掉投递叛国的恶行。
斩，抄家。
两个人临死前，还不停辱骂对方，说是被对方坑了，希望求得一点点生路。
毛文龙却留下来，流放之罪。
当然，还有那个袁崇焕。
袁崇焕在被审判之前，朱由校破例单独召见了他。
朱由校问道：“袁崇焕，你可有话要说？”
跟崇祯不一样，朱由校不打算劈头盖脸问蒙他，然后没准备好后续接手就直接抓了生乱子。朱由校则是安排好接手，然后抓了让袁崇焕关起来反省两个月，再看看这家伙反省的结果。
袁崇焕回道：“臣知罪.......尤其痛恨自己自幼苦读兵书，立志夺回奴儿干都司和安南，可是直到奴儿干都司回归，罪臣还没有上过战场。与孙传庭、卢象升相比总觉得很窝囊，攀比与不服输心理作用下，罪臣确实想投机取巧再想获得升职......”
朱由校：“你知道就好，你的浮夸与虚报是典型，朕不会再用你当官，该罚的一定重罚你，但也会给你机会重新做人。”
“臣谢陛下！”
袁崇焕第一次低下了高昂的头，再三拜谢。