光之金字塔的动画里没有详细交代，但官方出版的光之金字塔小说里进行了设定补充。
阿努比斯其实是阿克那丁留下的后手。阿克那丁把自己的徒弟制作成木乃伊，给他灌注庞大的黑暗力量，还留给了他能够克制三幻神的特制神器“光之金字塔”，为的就是等到自己已经不在了的未来某天，阿努比斯依旧可以辅佐自己的儿子赛特成事。
所以如果按阿克那丁原本的预想，他是希望阿努比斯辅佐赛特的转世——也就是海马濑人——打败阿图姆，夺走三幻神获得“王”的称号。
自那之后，阿努比斯和无名的法老王一样在各自的金字塔和积木中孤独地度过了三千年的时间。这漫长的折磨让阿努比斯心中越来越愤恨，原本被阿克那丁灌输进去的意志逐渐扭曲，由“辅佐赛特成为王”变为了“自己成王并破坏一切”的冲动。
所以就有了光之金字塔的剧情——阿努比斯利用海马和阿图姆决斗，想看到二者两败俱伤，然后自己再出来捡便宜打败法老王，自封为破坏之王，毁灭当世间让他看不顺眼的一切。
然而此时此刻，这对原本再也不应相遇的师徒却同时出现在了这同一个时代。
“你完成了你的任务么，阿努比斯？”阿克那丁问，“赛特，他的转世，如今已打败伪王，成为新的王了吗？”
阿努比斯却并未回答问题，只阴沉着脸：“三千年了，阿克那丁。三千年的岁月，如同孤魂野鬼般徘徊......当你把我变成这副样子，强制灌输给我这个使命时，你就知道这一切吗？”
但不对方回应，阿努比斯便讥讽一笑：“是的，当然了，你不在乎。我知道的，你不在乎除了你的宝贝儿子之外的任何人，任何事。我是什么？一个帮助你儿子上位的工具？”
他提高音量，挥舞着满是肌肉的手臂，看起来就好像在向人展示他的力量。
“不，已经不再是这样了，阿克那丁！我超越了你的使命，找到了新的意义！现在的我是破坏之神，法老王也好，你的儿子也好，都只不过将是我的垫脚石。
我会成为新世界的王！”
阿克那丁盯着他，眼神逐渐阴沉下来。
“你想背叛我？教会了你一切的恩师，创造了如今的你的人？”阿克那丁道，“你想背叛自己的使命？”
“我从没有什么使命，不过是你的野心而已。”阿努比斯森然道。
阿克那丁眯起眼睛：“是么？那看起来是我的失误，你已经变成了一步废棋，阿努比斯......”
阿努比斯淡淡道：“我早已超越了你，老师。如果你想的话，欢迎来亲身尝试。”
剑拔弩张，这对来自古埃及的师生大战一触即发之际，又一道尖锐的笑声打断了两人谈话。
“哈哈哈精彩，很好，很精彩！不枉我把你们两个从坟墓里拽出来，看起来死了这么多年你们的精神都还不错嘛。”
两人齐齐转头，只见一留着一头长长银发的少年坐在高处，笑看着两人争吵。
阿克那丁看到这少年面庞时先是皱眉，只觉此人面善好像在哪见过。直到他视线扫到这少年胸前那黄金挂饰时，才陡然瞳孔收缩，惊恐地认出了此人身份。
少年胸前挂着的，是千年智慧轮。
“佐克！”阿克那丁身子止不住地颤抖，“你是佐克！”