在王彦离开福京后，郑芝龙越发跋扈，皇帝为了提高朝廷威望，特别注意网罗人才，礼聘各地名声威望较高的官员入朝任职，以便朝廷获得地方上的支持，但郑芝龙自以为皇帝由他拥立，郑家实力又掌控全闽，却根本不把这些文官放在眼里。
左懋第等人扶郑森上位，与郑芝龙对抗，但一为父，一为子，却始终弱郑芝龙一头。
户部尚书何楷，之前就与郑芝龙有隙，令郑芝龙欲除之而后快，但那时王彦尚在福京，郑芝龙多少有些顾忌。
前些时日，群臣朝见皇帝，郑芝龙却当着皇帝的面前，座着挥扇去暑，何楷看不下去，出列弹劾郑芝龙，“目无君父，不知臣礼。”
隆武帝嘉奖何楷敢于直言，但他却被郑芝龙暗恨，随后对他百般刁难，他被逼无奈之下，只能致任回籍你，然而郑芝龙对此，却任不肯罢休，派部将半途伏杀何楷，以此来向朝廷示威。
何楷于回乡途中，见伏兵持刀而出，心中知道必是郑芝龙指使，亦知逃不过这一劫，随对杀出的贼兵道：“知君欲得者，吾头耳，毋及他人。”随伸颈待死。
郑芝龙的部将扬耿见此，不禁一阵愕然，片刻后才回过神来，赞叹道：“好一个都院，某将令在身，本要杀汝，今取一耳，可矣。”
扬耿随割耳而去，谎报于郑芝龙，言何楷已杀也。
（历史上，隆武以为何楷被杀，哭几日。时人作一对曰：“都院无耳方得活；皇帝有口只是啼。”由此可见郑氏的跋扈，以及隆武帝的无奈。）
隆武帝看完奏章，知道这件事情的严重性，它不只是郑芝龙对何楷的报复，其背后还隐藏着许多信息。
其中第一条，便是郑芝龙已经完全不将朝廷放在眼里，视朝廷为无物，全无半点忠心可言。而这样一个人，却掌握着朝廷的大权，这对于朝廷和隆武而言，实在太过危险。
其中第二条，左懋第等人扶持郑成功与郑芝龙，父子对抗的计划，并没达到想象中的效果。
“承德，且速命人传左阁老、黄阁老等阁臣，入行宫相见。”隆武帝想着此事后面流露出来的信息，有些慌张的站起身来，而后对那内士道。
隆武帝说完，就走出了宗祠，外面的内侍立马唱贺：“陛下摆驾回宫！”
自古官不修衙，福京行宫，原本是福建布政使司的衙门，隆武入住以来，也未曾修缮，显得十分破败。
皇帝行宫，尚比不上富家之所，令人感叹。
左懋第等人，知皇帝相招，随匆匆敢来，隆武帝于偏殿接见，命内侍上好粗茶，又让心腹守在门口，随拿出那本奏章，递给左懋第道：“卿等先观之，朕再说心中之想法。”
左懋第等人，随逐一观看，众多阁臣，脸色俱是一片阴寒。
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