方从哲想三言两语就把这次辩论的影响抹掉，要照常施行沈榷禁止天主教的主张，徐光启、张原诸人当然要力争，徐光启道：“前两日的辩论，于格物穷理、兴利除害皆有探讨，怎能说毫无补益。”
皇太子朱常洛对讲官徐光启是颇为敬重的，问道：“那徐赞善通过这次辩论想要在朝政上有哪些革新？”
徐光启道：“臣有三点建议：一，释放王丰肃等教士和教民，将南京教堂交还给耶稣会士；二，由礼部开设历局，参照西洋历重修历法；三，翰林院设译书局，由儒臣和西洋陪臣翻译西洋历算、地理、医药、农田、水利书籍，补我大明之缺。”
方从哲道：“王丰肃、谢务禄煽惑教众、企图谋反，绝不能姑息，至于历法，西洋历法绝用不得，我大明岂无郭守敬那样的人才，钦天监自会吸纳懂历法的贤才修历，何须西洋人参与，翻译西洋书籍更属无谓，我大明农书有《齐民要术》、医书有《本草纲目》，比之海外偏远的西人书籍岂非更适用。”
张原道：“《齐民要术》成书于北魏，距今一千多年，方阁老还认为适用于时下的大明？”
方从哲冷冷道：“为何不适用，难道西洋的学问就适用吗？”
张原道：“徐赞善正编纂《农政全书》，是针对我大明近年旱涝频繁而作的，参考了北魏《齐民要术》、元代的《农书》，去芜存菁，着重论述备荒救灾，当然也引用了《泰西水法》这类书籍，方阁老认为这种书有编纂的必要否？”
张原问话的口气似乎很恭敬，但方从哲听得出其中的讥讽，一个六品修撰竟敢这么对他说话，是想在翰林院一直待着吗，说道：“编纂农书那是徐赞善的事，推行利农政令是朝廷的事，互不相干。”言下之意是张原在万言廷策里提到的徐光启《甘薯疏》休想推行下去。
这一刻，张原很想把方从哲揍一顿，堂堂首辅不论是非、只看喜恶，这样的国家还能治理得好！
太监王安向皇太子朱常洛耳语几句，朱常洛便发话道：“辩论至此为止，记录的书吏三日内把辩论记录整理誊真呈交御览，沈侍郎、徐赞善各上一道奏疏，表明各自观点，是否禁教、修历、开译局，由皇帝独断。”说罢，便命启驾回慈庆宫。
方从哲看也不看张原一眼，很快就离开了国子监。
吴道南方才一直没说话，他不能为了这辩论之事在皇太子面前与首辅起争执，这时把张原叫过来道：“你真是少年气盛，何必与方阁老当面力争！”
张原道：“吴阁老，学生不能因为方阁老的喜恶而随意改变自己的观点呀。”心道：“我现在阿谀方从哲也没用了，大辩论绕过内阁，方阁老已视我为敌，还不如旗帜鲜明地坚持自己，方从哲这首辅难道还能当十年、八年吗！”
……
翌日，徐光启写好奏疏，傍晚时到李阁老胡同来见张原，张原对奏疏进行了一些补充，十一月二十日，徐光启把奏疏呈递上去，沈榷的奏疏也送到了内阁直房——
方从哲、吴道南这两位阁臣现在关系有些怪异，表面上依然和气，但已经没有真心话讲，一般的奏疏票拟吴道南还是会顺从方从哲的意思，但徐光启和沈榷的奏疏，吴道南没有在方从哲的票拟后署名，表示他不认可，还专门写了一道奏疏表明自己的意见——
方从哲沉着脸，让司礼监内侍把徐、沈二人的奏疏还有国子监书吏整理的一册“辩论纪要”送交御览，同时也写了一道奏疏，他要向皇帝辞职，这首辅他干不了啦，方从哲这是以退为进，逼迫万历皇帝表态，内阁现在这样子已经无法正常履行职责，方从哲自信在万历皇帝心目的地位高于吴道南。
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介子的救国之路不好走啊，努力！