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橘子群岛，亚西亚群岛周边，此刻一场巨大的阴谋正在发生着。
跟原著剧场版《洛奇亚的爆诞》中所描述的一模一样，神奇宝贝收藏家吉尔露太为了实现一则有关传说中神奇宝贝的预言，正驾驶着他的巨大飞行器，来到三神岛地区捕捉火焰鸟、闪电鸟以及急冻鸟，为了达成他自己的野心，他不惜破坏大海的秩序，世界的和平，就是要捕捉到传说中的海之神洛奇亚，以及传说中最强大的神奇宝贝，太阳神不死鸟。
历史的行进轨迹，因为过去的凌霄所做的改变，使得如今这个后世也在不知不觉间发生巨大的变化，吉尔露太的最终目标，已然不是传说中的海之神洛奇亚，而是凌霄这个太阳神。
“火之神，雷之神，冰之神，三类皆为神圣不可侵犯，触犯神明的威严，会使天地震怒，将令世界走向灭亡的道路！世界的秩序被打破，海之神为拯救世界灭亡而出现，然单凭海之神的力量无法阻止世界步入灭亡，这个时候，远在太阳之上的神明，太阳神将会来临，并带领优秀的领导者拯救世界。”
“呵呵呵我的目标不是火之神，不是雷之神，也不是冰之神，更不是海之神，而是太阳神！”看着竖立在收藏室中央位置的古老石碑，吉尔露太脸上展现出极具野心的笑容。
突然间，一阵机械女声响起，将他的神智从幻想中拉了回来。
“经过这半年的严密调查与追踪，得出火之神火焰鸟，冰之神急冻鸟乃是栖息在亚西亚岛附近岛屿的幻之神奇宝贝，两者皆是生活在亚西亚岛附近，那么同样的雷之神闪电鸟，应该也在亚西亚岛附近的岛屿。”
听到提示，吉尔露太的笑容越来越妖邪：“哼哼哼哼半年前的石英大会，让我得知火焰鸟与急冻鸟的生活区域，准备了半年，这一次即便有联盟保护，三神鸟都是我的，海之神也是我的，太阳神，更是我的。”
“探测到三只类似幻之神奇宝贝的生命反应。火焰鸟，闪电鸟，急冻鸟。”飞船系统的报告声响起。
“离我们最近的是哪一只？”乘坐着指挥系统，吉尔露太来到了飞行器的眺望台。
“是火之岛的火焰鸟！”
“呦西！要把火引出来，就用冰！准备冰封火之岛整个岛屿，火焰鸟必定出现。”听到系统的回答，吉尔露太笑着说道，似乎对于能抓到火焰鸟的信心达到了百分之百。
“攻击系统准备，零度冰弹准备就绪，随时可以发射。”
“发射。”
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