他准备在下次大战结束之后，将火影之位传给绳树，这样一来，既可以摆脱繁杂事务的压力，也可以奖赏绳树的功劳避免无功可赏的尴尬局面，可谓是一举两得。
而他在退位之后仍然可以加入顾问团和团藏等人一起稳定木叶的证据，火影之位对他来说已经可有可无了。
两位顾问也已经查觉到了三代的打算，对于这个决定他们当然是举双手赞成，因为这几年绳树一系表现得非常强势，木叶的一系列政务实际上都是在绳树的主导下完成的。
三代坐在火影之位上只会加大火影一系的声势，当他退位之后，自然会从顾问的角度考虑问题，这样一来他们两人的地位就更加稳定，所以没有理由进行反对。
木叶的高层都在打着各自的算盘，却不知道绳树对一切都洞若观火，他之所以和大蛇丸演这出戏就是为了打消三代的顾虑，为自己上位铺平道路，同时也是给团藏挖坑。
他可不是三代那样的老好人，一旦成为火影，一定会想办法彻底掌握木叶的一切权力，所有不听话的都会被毫不留情地铲除掉。
演戏当然要演全套，之后的日子里，绳树与大蛇丸的关系越来越疏远，而且矛盾也越来越大。而绳树一系的其他成员也因此分成两派，暗部与白牙的军部对大蛇为越来越不满，经常会在公开场合进行指责，直言大蛇丸忘恩负义浑然不顾当被绳树推荐他担任部长的恩情，居然投靠团藏这个搅屎棍。而自来也的教育部则为大蛇丸说好话，希望缓和双方的关系，而纲手的医疗却则保持中立两不相帮。
这种情况下，大蛇丸与绳树一系的关系渐行渐远，到最后彻底倒向根部。
团藏对绳树一系的内部矛盾是乐见其成，因此对大蛇丸更加满意起来，所以展开了更进一步的合作，大蛇丸在根部帮助下，建立了隐秘的地下实验室，专门进行人体实验与克隆研究。
团藏亲眼观摩了大蛇丸的实验过程，并且成功获得了部分蛇类细胞改造技术之后，自以为抓住了大蛇丸的把柄，可以完全掌控他，所以开始全力咫尺大蛇丸的研究计划，为此甚至暂停了根部的人员扩招。
在团藏看来，一旦克隆人与改造人计划完成，他便可以获得大量的优质兵团，比起连续失败了两次的根部精锐来说，明显更加划算。
而大蛇丸也没有和团藏客气，直接提出自己希望进行血继研究。而团藏本来就对血继的力量很感兴趣，所以直接下令根部满世界捕捉血继忍者。如果不是因为顾忌暗部，他甚至会对木叶的血继家族下手。
有了团藏的支持之后，大蛇丸在生物学上的造诣进步非快，各方面的研究都展迅。
当团藏得知大蛇丸从绳树那里获得了材料（白绝细胞），正在进行木遁细胞移植的研究之后，对于大蛇丸咫尺更加不留余力，浑然不知自己已经落入算计，一切都在为他人做嫁衣。
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