暗部资料中，除了暗部收集的情报与秘密档案之外，还存有暗部传承下来的各种秘术！而绳树更是慷慨地将千手一族的各系忍术的复本放入其中，并立下了严格的内部功勋兑换制度，以供暗功成员兑换修炼！
平日没有任务之时，暗部成员便可以在总部内各自修练，而且绳树还立下规定所有暗部成员在空暇之时，每三天至少要在总部内参加一次集体训练！
这一规定受到了所有暗部成员的一致拥护，他们再也不用像以前一样没有任务之时只能待在火影大楼里浪费光阴。
这样一来不仅可以增强实力，还可以熟悉同僚之间的战斗式，培养整个部队的默契与几率，让暗部真正成为一支王牌特种部队。
虽然总部已经建立，但是由于暗部还担任了保护火影与木叶安全的主要任务，所以绳树在火影紧贴办公室的隔壁建立了一间暗部办公室。不仅可以作为暗部明面上的办公地点掩人耳目，而且方便保护火影的安全和接收火影命令，其功能与前世的警卫室相似。
另外绳树接收暗部之后，发现整个暗部的内部机构划分非常粗略，只有简单分队与队长单位，各分队也没有明确的分工！这中简单的构架怎么可能真正撑起暗部这种功能多样权力部门
所以绳树立刻对暗部的内部机构进行改革，虽然绳树对于这种部分管理没有任何经验，但是前世除了动漫之外，各种谍战片也看了不少！
虽然对于我党地下组织的具体结构一直不太了解，但是对于某党的特务组织确是耳熟能详！
于是绳树干脆就效仿某统的结构再结合忍界的情况，为暗部山寨了一个结构体系。
首先每四到五名暗部成员组成组成小队的基本单位不变。
在部长之下情报组与行动组两个部门。
而后情报组又分为：军事情报大队，安全情报大队，通讯情报大队。
行动组分为：警卫大队，刺杀大队，审讯大队。
这两组六大队除了专业任务不同之外没有高下之分，而且要求保有相同的正面战斗力，具体功能可以顾名思义，就不一一解释。
按照绳树的计划，各大队由30到40个暗部小队组成，且每十个小队组成一个中队由一名中队长统领，整个暗部的成员至少千人，未来如果条件允许，他还会在本国与敌国城镇建立分部。
分部的结构与总部类似，但是规模要小上是被，分部的最高长官叫作“站长”。除了与绳树这个部长以示区别之外，也是为了满足他自己的恶趣味。
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