而在另一方面，袁世凯还有一个想法，就是借这个机会打压一下北洋新军中的山东势力。现在山东人已经在北洋新军内部形成了一股不容小视的势力，尽管基本都是中下层军官，但现在也都想更进一步，爬上北洋新军的高层。这一次数十名军官联名上书袁世凯，要求赫免孙仲奎、万坤等人，这不仅仅是为了尽同乡之谊，也是向北洋新军的老旧势力发出的挑战。如果袁世凯屈从于这些山东籍军官的压力，赦免了孙仲奎、万坤等人，那么他们下一步肯定就是在北洋新军中谋求更高的职位。
袁世凯对这一点看得十分清楚，知道这种风气是绝对不能助长的，必须要坚决的打压，否则北洋新军就会失控，如果说是以前，袁世凯或许还要顾忌一下山东士绅的感受，因为北洋新军的山东籍中下级军官，基本都是来自士绅家庭，而袁世凯又打算是把山东当自己的后院来经营，自然也不能把山东士绅得罪得太狠了，因此在处理山东籍中下级军官时，也会有所顾忌。但现在袁世凯己经决定放弃山东，自然也就不会再在乎山东士绅的感受，而且正好可以借这个机会，狠狠的打击北洋新军里的山东势力，将一部份人清除出北洋新军去，确保袁世凯对北洋新军的绝对统治。
于是袁世凯也就不客气了，一方面仍然对孙仲奎、万坤等人依然处以极刑，另一方面对联名对给孙仲奎、万坤等人求情的中下级军官进行严厉的打击，同时也防止有人借机发动兵变。段祺瑞部统领的军队都是袁世凯在小站练兵时的军队，不仅训练时间长，战斗力强，而且忠诚可靠，因此由他负责警戒，袁世凯也能够完全放心。
就在当天晚上，赵秉钧分派人手，将联名上书求情的中下级军官全部抓捕收监，而段祺瑞也率领本部军队，控制军营要地，而就在第二天，袁世凯通告全军，述明孙仲奎、万坤等人违抗的军纪，当众执行枪决，参与联名上书求请41名中下级军官，全部抓捕入监，等候处理，同时告戒全军，凡事再有敢违抗军纪的人，全部都将严惩不待。
这一下北洋新军全军震动，由其是山东籍的士兵、军官，感受到了强大的冲击，不过由于参与联名上书求请41名中下级军官全部被抓，而且段祺瑞又派兵守住军营的各处要地，因此虽然其余的山东籍中下级军官心里不忿，但也无法有任何做为。
随后袁世凯又分别向青岛和上海发电，向穿越者是表示歉意，而向李鸿章则是为自己开脱解释，并请李鸿章帮自己周旋。
而就在三天以后，袁世凯又一次下令通告全军，参与联名上书求请41名中下级军官，只留用4人，并且都处以降职，而除名37人，其中的23人被判以3-5年时间的监禁。这一来整个济南府都是一阵哗然，因为判以监禁的这23人全部都是来自山东地区的大豪族，大士绅之家，也就是说这一下子袁世凯把山东的主要士绅都给得罪了。
山东的士绅们自然都不甘心，于是联名向袁世凯提出抗议，要求袁世凯立刻放人，并且恢复他们的军职。但袁世凯却表现得十分强硬，坚决不让步。