九鬼嘉隆看起来无法抵御敌军，铁甲船上火绳枪的也攻击无法阻挡行动迅速的村上水军的逼近，行动迟缓的铁甲船不久就被村上水军包围。
村上武吉在儿玉就英队将织田军包围后向南移动，企图直接越过封锁线。此时，九鬼嘉隆引船冲击毛利船队，由于小早船吃水浅，毛利军的数艘战船竟被直径撞翻了。村上武吉大惊。
毛利水军故伎重演，想要重演第一次木津川口合战的战术，用“焙烙火矢”对织田军进行火攻，因铁甲船高大而覆有铁皮，使得火矢命中船体后不能插入，纷纷落入水中，铁炮发射的弹丸亦被弹开。
村上武吉一计不成，只好改变战法，利用数量和速度上的优势逼近铁甲船，企图进行跳帮接弦战。
村上武吉遣五路船队杀向织田军，就在毛利水军接近之时，织田军用大筒攻击毛利水军船大将所在的指挥船。
在九鬼嘉隆的指挥下，织田采用集火战术，将所有火力集中在一艘船上，一次齐射直接打掉了毛利水军数艘先发的指挥船。
村上武吉等船大将被吓了一大跳，不敢再靠近。
九鬼嘉隆一看，大笑道：“毛利水军不足惧了，儿郎们杀啊！”
他亲率船队主动推进，接连击沉数十艘毛利战船。毛利水军毫无应敌之策，只能眼睁睁的看着自己的战船一艘接一艘的被打掉。
最终村上武吉和儿玉就英只得下令撤军。
毛利水军在大阪湾惨败，损失上百艘战船，之后又和织田水军在播磨附近海域交战，再度败退，损失惨重。
这下，毛利水军根本就不敢去大阪湾方向，水军龟缩在伊予以西，不再再东进。
毛利家失去了水军优势，威望大跌。
织田信长得知海战大胜的消息，更是叫嚣五年内就灭了毛利家，统一天下！
现在，织田家再度封锁大阪湾，本愿寺彻底孤立无援。
信虎这才出手，布置对本愿寺的攻城战。
信虎指挥织田军扫清了本愿寺山脚下的所有据点，将本愿寺困在石山上。
本愿寺显如显然不想投降，他一边固守石山，一边派人下山进入京都活动，试图与织田信长议和。
但是织田信长对于本愿寺提出的条件并不满意，本愿寺显如也不轻易低头，双方便继续僵持。
信虎已经收到了信长的书信，用尽一切手段击败本愿寺。
信虎也不再拖延时间，他直接让手下将火炮拉到本愿寺山脚下，然后织田军日夜挖土筑山，很快就堆起了数十米高小山头。
火炮随即被运上山头，津田长信亲自督战，他剑指石山本愿寺的寺庙，喝道：“给我轰！”
炮兵队在津田长信的命令下，没有一丝迟疑，炮弹呼啸着，直接打中寺庙。
织田家本阵内，丹羽长秀等家老看到这一幕，无比惊讶。
丹羽长秀惊恐道：“京兆尹殿，炮轰佛祖是会有天罚的。”
信虎笑道：“天罚我没见识过，不知道有没有，但是信长殿的惩罚我是知道的，丹羽大人，你觉得我该担心哪个的惩罚？”
丹羽长秀听到这话，一时无言，只能默默地看着。
本愿寺内，炮弹不断落入寺庙内，很多房间都被打烂，僧侣死伤颇多，甚至有僧官跑来哭诉，有塑金身的佛像被打烂。
躲在大殿内的显如怒斥道：“津田信虎，这个十恶不赦的恶人！这样毁坏佛祖金身，他肯定会有报应啊！”
下方的僧侣们哭喊道：“上人，我们该怎么办啊！”
显如咬牙坚持道：“我们不要害怕，佛祖会保佑我们的，我们要坚持下去，向佛祖祷告，让佛祖降下神罚！”
话音刚落，一枚炮弹就打烂屋檐，直接击中殿内的佛像，显如吓得直接呆傻，下间仲孝急忙大喊：“快带上人去密室啊！”
僧官们手忙脚乱的抬着显如等人前往密室避难。
被掐人中的显如的尖叫一声，这才回了神，回过神的显如脸色苍白，浑身颤抖，他急忙道：“性乘，你快去城外，告诉京兆尹殿，我本愿寺愿意无条件和织田家议和，只要留的我等性命，什么条件都可以答应啊！”
教如闻言，痛哭流涕道：“煌煌本愿寺，今日竟毁于一旦啊！”
众人闻言，无不掩面哭泣。
下间仲孝举着白旗跑下山来，见到津田信虎便是哭喊道：“京兆尹殿，不要再打啦，不要再打啦！”
信虎看到这般模样的下间仲孝，也是有些唏嘘，这位也算是个人才了。
他毫不客气道：“下间仲孝，你这说的什么话？你说不打了就不打了！”
下间仲孝也不敢嘴硬，他连忙说道：“上人愿意投降，只要留的性命，我们什么条件都可以答应啊！”
信虎一听，本愿寺这下是被打服了。
他直接说道：“既然你们都这么说了，那就先不打了。
回去告诉显如，让他退位让贤，将本愿寺法主的位置让给教如，同时本愿寺迁往京都，而且本愿寺要一分为二，显如上人的次子继承另一半的本愿寺。”
下间仲孝惊诧的看向津田信虎，心中暗道这一招太狠了，从此之后，本愿寺构想的地上佛国怕是从此成了奢望。
但是事已至此，他还能说什么呢？本愿寺已经是砧板上的鱼肉，任由织田家宰割啊。
心痛如绞的下间仲孝失魂落魄的回到了本愿寺内，向显如提出了津田信虎说的条件。
显如破口大骂道：“可恨的津田信虎！贼子，贼子啊！”
下间仲孝提醒道：“上人，京兆尹殿只给了半个时辰的时间，时间一到，继续攻城。”
显如身子一抖，随即闭眼拂袖道：“这还有什么好说的，去告诉京兆尹殿，我这就带人离开本愿寺，前往京都拜见信长殿。”