格鲁叛军在拉萨的起事短短数日便告失败，大量的散兵游勇流落到各处，烧杀抢掠，随即被镇压，流下一段段关于叛乱的记载供后世研究。
“火狗年（1646年）九月五日，阿旺罗桑嘉措神僧在大昭寺向信徒发表了起事的圣谕，随即拉萨叛乱军队发起全面攻击。大昭寺、小昭寺、哲蚌寺、甘丹寺、色拉寺等格鲁寺院的僧侣、拉德、沙比纳尔都拿起了武器，林廓、八廓、囊廓、布达拉宫处处燃起战火，到处都可以听到隆隆的枪炮声。那一年我才十三岁，在甘丹寺的伙房里烧锅。九月五号早晨，伙房管事的下堆巴（低等管事）兴冲冲地找到我们几个，让我们多准备些吃食犒劳护教的勇士。然而到了第二天，朝廷的军队就打到了甘丹寺。我听到隆隆的枪炮声，攀上旺波日山顶躲藏起来，远远望见拉萨方向腾起了硝烟，许多房顶上飘起表示投降的哈达”（洛桑南杰：《一个年轻僧人的回忆——雪域纪实》）。
“今天，僵尸正在被铲除，大石板被掀开了，骑在拉萨百姓头上的大和尚们再也没有了往日的威风，跪在朝廷的大军面前祈求活命。雪域百姓的热情高涨起来。‘愿皇帝陛下万寿无疆‘，人群中有人在欢呼，‘愿皇帝陛下万寿无疆‘⋯⋯欢呼声响彻在拉萨的大街小巷”（拉布吉：《平叛亲历记》）。
“我父亲是个穷差巴（农奴），在我很小时病死在外边，是阿妈将我养大。那一年我十三岁，阿妈出去割草，遇到叛军，便再也没有回来。到处都发生了暴力事件。在墨竹工卡宗，仅九月五日、六日两天，遭受抢劫的就有八十三户，连敬佛的灯油、油碗也被他们一抢而光。五月七日，绝望的叛军在章多村射杀无辜百姓三人，杀伤五人；在帕里，叛军任意强行牵走百姓的骡马，东嗄寺的管家因抗拒抢劫而惨遭杀害，几名女子在栈道边遭到蹂躏；在岗巴宗，他们杀害了当地的宗本；乃东宗的裁缝平措反对叛乱，被剖腹掏心；巴青宗牧民布德为官府送信，被剜去双目⋯⋯”（白玛玉珍：《人间地狱》）。
“贡噶宗本向千户长报告，从扎堆和羊卓地方来了二百多败兵，强迫百姓准备住房、草料，为数甚大。千户长命玛木特百户带我们立即前往平叛。军队走到古如村附近山谷被叛匪包围了，敌众我寡，形势不妙。玛木特指挥勇士们以土墙为掩体，聚拢在一起。敌人丢下了六七具尸体，而我方也牺牲了五名士兵，其中包括一位十夫长。两个时辰后，我军增援部队赶来，才转危为安”（平措占堆：《老兵回忆录》）。
“叛军杀害我军官兵的手段极为残忍。尤其是叛乱失败后，他们变得更加疯狂。芒康叛军首领普巴本率军袭击官兵驻守澜沧江竹卡渡口的小队时，一次就杀害十五人，每个人的尸体上都被捅了几十刀。我军将普巴本叛匪压缩到切玛村周围的区域里。激战打响了，敌人占着山头，我军被压在坡下。流弹横飞，我点燃火铳，一个点射过去，眼看着打烂一个人的头，后来才知道，那个人正是普巴本第巴”（平措占堆：《老兵回忆录》）。