全国范围内的起义运动风起云涌，令王莽焦头烂额。他调动大批兵力意图镇压各地起义军，但官军却被起义军逐一击败，甚至连领军将领也遭杀害。随后，王莽任命太师王匡（不同于绿林军领袖王匡）率军先行征讨樊崇的部队，后再对绿林军进行打击。
公元22年，太师王匡亲率大军进抵泰山郡，试图围剿樊崇的起义部队。面对危局，樊崇首先激励部众拼死抵抗，并下令全体将士将自己的眉毛染红，以此标记区分敌我，防止误伤，自此，樊崇的起义军因其独特的标识被世人称作“赤眉军”。在激烈的战斗中，赤眉军力挫太师王匡的官军，王匡狼狈溃逃，腿部还被樊崇的长矛刺中，留下血洞，其部属伤亡过半，纷纷逃回长安。赤眉军经此一役，声势更加浩大，不仅疆域扩展，兵力也迅速增至十数万人。
绿林军与赤眉军击败王莽军队的消息如野火般迅速蔓延全国，极大地激发了各地人民的斗志。黄河沿岸诸多地方相继爆发起义，其中不乏因王莽新政受损的地主阶层及没落贵族，他们纷纷揭竿而起，共同寻求推翻王莽统治的新契机。
在南阳郡舂陵（今湖南宁远北）乡，刘演与刘秀两兄弟亦无法忍受王莽剥夺刘氏宗族特权的做法。在全国反莽浪潮高涨之时，刘氏兄弟召集数千乡民及族人，在舂陵乡发起了反抗起义。他们主动联络绿林军首领，双方联手共同对抗王莽军队，并在战斗中斩杀了多名朝廷将军。
随着绿林军力量的持续增强，内部意识到没有统一领导难以持久，因此提出推选一位总首领，以便军队管理和战略规划。鉴于当时社会观念较为传统，许多人认为首领应当出自刘氏皇族，以赢得更高的权威和广泛的民心支持。众多刘姓子孙中，刘演以其领导能力深得部分士兵拥戴，欲推举他为起义军首领。然而，出于对刘演日后可能威胁自身地位的担忧，其他起义军分支坚决反对。在此情况下，他们选择了出身没落世家的刘玄，计划拥立他为皇帝。尽管刘演提出应在彻底推翻王莽、团结赤眉军后再考虑立君之事，但多数起义军并未采纳他的意见。刘演迫于形势，不得不接受多数人的意愿，赞同立刘玄为帝。
公元23年，刘玄正式登上绿林军领袖宝座，宣布恢复汉朝国号，启用年号“更始”，从而被称为更始帝。王匡、王凤被封为上公，刘演被封为大司徒，刘秀则被授予太常偏将军的职位，此外，其他有功将领也均获得相应的官职封赏。从此，民间普遍将绿林军视为汉室正统，称之为汉军。