朱由校对明军的改革已经有十二年了，明军由原来的当兵吃粮、纪律涣散、痞子兵，逐渐变成了世界级强军。
明军的改革是艰难曲折的。
万历中后期说句实话，明军已经衰落很严重。
隆庆新政和万历初年张居正改革、万历三大征的遗产，已经全部消耗到底，万历三大征的将军军吏都已年老，武备已经松弛，兵役和防务基础的卫所也因土地和收入问题变得无比残破。
这些问题让看起来风平浪静的万历中期，边境反叛无法弹压、土地兼并发生大乱、财政崩溃无力应对，只有一小步。
一个不小心，就离亡国不远。
朱由校其实很清楚这一点，也这种警示记在心中，决不能取得一些成绩就掉以轻心。
现在明军继续改编，有两个重要改革。
其一是统一编制，其二是优化并贯彻巨子制度。
朱由校按照师旅团营的规模，再结合这个时代人们比较接受的名称，重新规划了明军编制。
镇-协-标-营，对应师-旅-团-营。
镇设总兵、副总兵。协设参将、副参将，标设游击、副游击，营设把总、副把总......
朱由校计划一步步推进改革，先从腾骧四卫等皇家亲军开始变革，然后是京军，最后是营兵和卫所兵。
之前已经在军中设立各级巨子，这些巨子起到了沟通军中情况、强化内部团结、开展教学宣传，以及推动兵卒地位提升的作用。
现在正式给各级巨子设置职位，明确为副职待遇。例如一协兵马的协巨子，对应是一协主将-参将，副手是副参将，那么协巨子职位是副参将。
腾骧四卫有半数此时在外，在京城的半数先开始改制。
按照这样改制以后，明军五大体系之间，职位将对等。
可以认为皇家精锐稍高于京军，京军稍高于营兵精锐，营兵与卫所的各级则相等，只是前者更多作战，后者更多是工程兵、医护兵、炊事兵、技术兵、防洪抗灾等兵种作用。
例如从普通营兵的一镇总兵，调为为京军的征讨兵团某一镇的总兵，这样相对于升职，调为京军的驻扎兵团某一镇的副总兵，相当于平调。
这是编制改编。
然后是巨子制度。
当年朱由校在嫡系腾骧四卫和锦衣卫最先搞这一套，很快心腹太监魏忠贤担任了御马监掌印太监，皇家嫡系腾骧四卫训练出一些自己的亲信，但是这点成就在当时可不够。
那时京军大权主要掌握在英国公张维贤、成国公朱纯臣和武勋手里，英国公张维贤始终维护者皇家，可是其他武勋基本上已经被文官为首的外廷朝廷压制。
后面
外廷只有首辅方从哲几人还站在皇帝的立场上，就连都察院左都御史都参与了东林党军师汪文言和司礼监掌印太监王安组织的叛乱。成国公朱纯臣也参与了政变，五城兵马司指挥使竟然被部下软禁。英国公带领部分京军平叛，京军竟然打不过兵力远少于京军的叛军。