还是腾骧四卫和锦衣卫，尤其是自己搞了巨子的这一部分起到了作用。
真正平叛的主力是朱由校调动了集结在京城周边准备开赴辽东战场的援辽南军，秦良玉的白杆军和陈策的福建军。
从此之后朱由校开始从腾骧四卫与京军进行改革，再把京军整编维京军征讨军团、京军宪兵军团、京军驻扎军团。
并且在腾骧四卫和京军建立了巨子制度。
逐渐将腾骧四卫和京军的空额与剔除的痞子兵用边军补齐，从边军引进优秀官兵与经过层层选拔留下的腾骧四卫和京军进行合练，采用优胜劣汰的办法保证了军队具有强大的战斗力。
朱由校在御驾亲征科尔沁蒙古和后金之后，夺回了被东林党及其文人士大夫夺走的一百多年的军权。
从那时起就开始在援辽边军实施巨子制度，然后逐渐在边军进行。
营兵稍微之后一两年进行，卫所兵的巨子制度四年前才完成。
巨子制度基本上杜绝了自古以来军阀作风在军队的盛行，基本上实现了官兵平等，使得团结友爱成为了军队的凝聚力，也使得军队的战斗力大大提升。
随着巨子在军中的凝聚力越来越大，发挥的作用显著提高，巨子在军中的威信甚至超过了各级军官与将领。
军官与将领无形中嫉妒压制巨子的事情普遍出现，他们以巨子做任何工作都是自愿，都是他们的义务为由，同样的军功得到提升和奖励的机会反而更少。
巨子是朱由校掌控军队的手段之一，朱由校当然能尽快知道这些不合理的现象发生。
为了给巨子们争取合法权利，他处罚了一批军官与将领，结果效果并不好。
虽然巨子们的利益得到了维护，但是在巨子与军官和将领之间却加深了隔阂，对于巨子们以后的工作无形中产生了难度。
但是因为巨子只有对上级将官只有监督权，并没有实质性的权力，更可况巨子在军队中只有建议权，而没有否决权，在关键问题上很难发挥作用。
军官和将领利用手中的权力，对于巨子们提出的合理性建议，极力找出理由加以否定，尤其是对于预判往往让其下去继续探索，从而拖延时间不予采诺。
军中技术骨干多出自巨子，研发经费多数被军官和将领否决，以此压制巨子们做出成绩。
对于以上类似事情已经屡见不鲜，处罚的军官与将领越多，军官和巨子们的矛盾越深。
如果不进一步对明军进行改革，不仅巨子们的积极性被打击，军中团结友爱、上下级的平等权利就会重新被打破，这样会严重损伤明军的战斗力，限制军队的发展。
因此上，巨子担任副职，并且有政治问题上的一票否决权是非常必要的，是非常及时的。
编制改编和巨子制度明确化，都会有一定阻力。
依旧是从腾骧四卫和锦衣卫先开始，再一点点往京军延伸。
朱由校把东厂提督太监王体乾找过来。
这个王大伴其实本事不大，但是忠诚有保障，所以一直用它在这个关键位置上，让他先调研嫡系兵马对改编的真实想法。