蓝蓝的天，白白的云，然后是广阔得大海，这里是南方海洋的橘子群岛。
以成为神奇宝贝大师为目标的小智一行人，完成了橘子群岛的胜利者杯挑战，正逐个岛地持续着他们的海上之旅。
“哈……天气真好啊。这个时候要是能出现些没见过的神奇宝贝，那就再好不过了。”一艘正在前往亚西亚岛的小型游轮上，小智一行人搭了朋友的便船，此刻正在船上眺望着美丽的天空与浩瀚的海洋。
“小智，你真是的，到了哪里都是这副德行，不过今天的天气真的好棒呢。”小智身边的小霞，开口吐槽了小智一句，随即也被美丽的大海和天空所吸引，露出舒适宜人的表情。
“趁这个机会，也让神奇宝贝们出来游玩游玩吧。”这个时候，跟小智一行人组团的小健来到了小智小霞的身边，开口对着他俩说道。
结束关东地区的旅行之后，小刚因为特殊原因离队，只剩下小霞和小智，来到橘子群岛之后刚巧碰到了同样细心的小健，并且小健的目标是前往真新镇的大木研究所，于是三人便组团一同旅行。
此刻的他们，都不知道危机正在酝酿当中，现在这美丽的天空与大海，有些过于安静祥和了，这就像是暴风雨前的宁静。他们是没注意到，但是十分敏感的皮卡丘，已经感觉到了变化，这个时候皮卡丘正站在船头的甲板上，眺望着亚西亚岛附近。
“小健的主意不错哦，到我们的目标岛屿还有一段时间，大家可以趁现在放松一下。”小健的话，让开船的小美很赞同，依照她船长的目光来看，都没有发现这个大自然界发生了大事，反正距离目的地还有一个小时左右的海路，所以便同意了小健的主意。
就因为他的赞同，小智和小霞也不再顾忌什么，当下将水系的神奇宝贝召唤到了大海上，让水系神奇宝贝可以难得的在大海中玩玩。
他们都不知道，暴风雨即将来临，若是稍有差池，他们中就会有人伤亡。
意外说来就来，就在十分钟之后，他们还沉寂在欢乐中时，突然间，南方的海域蔓延过来厚重的乌云，因为这一大片黑云的降临，整片海域开始波涛汹涌，这样的变化，让身为船长的小美很意外，更是立刻让小智他们收回自己的神奇宝贝。
命运，牵扯着他们前往橘子群岛的中心亚西亚岛。
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于此同时，全球气候的突变，引起无数人类的关注，来一场暴风雨什么的，这倒是也没什么大不了的，关键的是，有的地方下起了六月飞雪，有的地方，更是下起了冰雹，这完全就跟现如今的夏季不符啊。
而且最最重要的是，全球各地的神奇宝贝，不管是哪个属性，都在朝着橘子群岛亚西亚岛附近前进，飞行系的神奇宝贝和水系的神奇宝贝，无视大海的阻碍，而很多不能飞行又不能穿越大海的神奇宝贝，则是搭乘飞行系以及水系的神奇宝贝穿越茫茫无边的大海。