这样的局面，若还有人说这是自然现象，那就是在找抽啊。
而距离橘子群岛最近的一些研究人员以及文学界权威，跟随着野生神奇宝贝们的目标前进，打算一探究竟，其中就有大木博士以及小智的妈妈花子，更有橘子群岛的内木博士。
另一边，联盟方也做出了反应，关东地区的四大天王全速朝着事发地点而去，另外，更有其他地区的冠军天王前来帮助。
橘子群岛的这场突变，已经引起了所有人类的关注。这要是摆在数千数万年前，不同大陆的人根本无法做到相互照顾，毕竟现在的科技发达了，一个通讯什么事情都能搞定，穿越茫茫大海，更是不用坐船什么的，直接飞行器前进，不仅速度快，而且可以忽略不少的海上危机。
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水都，拉帝欧斯与拉迪亚斯，全力的阻止着大海带来的毁灭，他们两个同心协力，施展出通天防护罩，倒是将水都从这件事情中置身事外。
芳缘地区，长年不定期喷发的活火山群岛地带，身处在数千米地下接近地心岩浆处的古拉多，睁开了紧闭多年的双眼，可以看出，他的眼中绽放着凶光，显然被意外叫醒，让他很不爽，他的苏醒，让整个星球的大地震动。
同样的芳缘地区，大海深处，传说中创造了大海的盖欧卡也从长眠中醒来，并且朝着交界海域飞去。他的醒来，让大海更是汹涌万分，甚至引发海啸，席卷某些地区的大陆。
随即还是芳缘地区，生活在臭氧层的裂空座，也受到了气候变化的影响，朝着关东地区高空飞去，自从万年前没有了天龙王，裂空座便成为了掌控整个星球臭氧层的存在，如今气候的变化，导致臭氧层也在突变，这让他不得不介入。
然后。
神奥地区，分别生活在空间和时间中帕路奇犽和帝牙卢卡，因为外界的突变，造成时空碰撞，他们两个红着眼睛在时空狭缝之中再度开战，不过这一战，似乎牵扯到的是未来某个时空，只不过他们的战斗，却是因为这件事情所引起。
反转世界，冥王龙骑拉帝纳从那个世界观察到了橘子群岛的一切，那个世界发生突变，导致反转世界这里也遭受了破坏，失去了平衡。
世界各地，无数的超神兽，幻之神奇宝贝，精灵神奇宝贝从长眠中逐步清醒，有的直接醒来，并且造成自然界的灾害，有的距离彻底清醒，也为时不远。
迷雾三神岛地带，身为这个世界管辖者的凌霄，已经感知到了这一切的变化，此刻即便是他拥有超越这个世界的力量，也产生了巨大压力，要是所有的超神兽以及神兽全部爆发，神奇宝贝世界必定毁灭，没有任何办法阻止。