作为大明的陪都，南京在政治、军事、经济、文化等层面，是具有特殊地位与象征的，即便是到今下，南京依旧是繁荣的，当然这已比不过在南的直隶松江府、直隶新安府等地，造成这一现状的缘由很复杂，但这却是朱由校一手推动并促成的。
大明想要迎来改变，就必须从根子上来动才行。
自永乐迁都为始，大明从过去的一京变成了两京，可由于明初时的特殊缘由，使得与大明首都相隔两千里开外的南京，形成了一套特有体制，即除了没有皇帝外，在大明中枢有的，南京基本上都有，由此也逐步形成了独有的守备制度。
这套制度的出现，让本就复杂难控的东南诸省，随着时间的推移，变得更为棘手与复杂了。
最初涉足到守备的只有勋戚，这是守备制度的雏形，原因在于永乐、洪熙两朝最高皇权更迭下的特殊局面，为了确保南北两京及两地安稳，故而才有了靖难功臣永康侯徐忠留守南京，辅佐太子监国。
可等到局势稍稳后，出于种种考虑下，为起到制衡作用，确保大明南北不会出现新的状况，继大明勋戚守备南京后，又有了守备太监，文官领南京参赞机务，这便在南京出现了守备大臣、守备太监、参赞机务三方彼此制衡，彼此牵制的新格局。
这站在国朝层面而言，的确是称得上不错的制度，毕竟大明特殊国情摆在那里，两京制度嘛，总不能轻一头重一头，真要是那样，一旦在南出现任何状况，那大明对长江以南的掌控，岂不是就断掉了？
可是任何制度的出现，都会带来对应的漏洞与隐患。
因为出现了这一特殊体制，使得大明东南诸省本就复杂的局面，变得愈发盘根错节了，这反倒是削弱了中枢对东南的掌控。
尤其是在江操提督一职的出现，让这一切变得更加复杂了，这世间的事儿万变不离其宗，只要是牵扯到了权，但凡涉及到的人多了，即便再简单的事儿，也会跟着变复杂的，因为这一切的背后指向了一点，即利！！
站在大明天子及中枢的角度，为什么会在历朝针对上述事宜进行明确与修补，这是在为增强掌控不假，但是掌控增强的标志是什么？
征税！！
统治既然出现了，那一切的具象，其实就是征税，没有这一根本核心，那一切权力构架都玩不转。
一分钱难倒英雄汉。
更何况是一个幅员辽阔的王朝呢？
可问题是因为层层加码，因为层层叠权，这看似是形成了一个彼此制衡，彼此牵制的守备权力构架，但与之相对的，是那些本该征收到国库的赋税，其中有太多流向了私人腰包，关键是骂名全都叫中枢给背负了。
东南的走私只是其中一个。
诸如盐、茶、丝、瓷、矿等诸业各税，这本该是大明中枢对东南诸省征收税目的重要组成部分，可随着时间的推移呢，这些个税是愈发的少了，甚至具体到某一个省，牵扯到某一类税，把各种成本都加上来，中枢财政都是要倒贴的，这不是滑天下之大稽吗？
别的就不说了，茶叶、丝绸、瓷器这一类特殊存在，虽说在大明别的地方也有，但是最为繁荣的，发展最好的，那就是东南这一地域范畴，可结果呢，本该是最好的，偏偏是最烂的。
换作是谁当皇帝，那都是无比愤怒的。
这等于是自己的钱，被别人给拿走了，关键是你还要对他说声谢谢，毕竟这钱，是你叫他们看管的。
所以到了万历一朝，在某一段时期内出现了大批镇守太监外派，以征收矿税等，这看起来是万历皇帝贪得无厌，想以此来横征暴敛，不顾地方死活，可真要细究下来，这背后是有其他牵扯的。
可史书是由胜利者书写的，在这件事情上，万历皇帝没有做到他想促成的成效，所以一应骂名都推波助澜到其身上了，连带着不少既得利益群体所犯下的种种，也都有了不错的转嫁对象。
“没有大山压着的南京，这才是大明的南京，而非是某些人的南京！”
月余后，南京紫禁城。
负手立于乾清宫殿前的朱由校，看着眼前的种种，言语间透着唏嘘与感慨，“这才是真正给中枢增强了掌控力度，让应天府及东南诸省的底层百姓，真正感受到了减负带来的种种变化啊。”
朱慈燃、朱慈烺、朱琳源等一行人，听到自家父皇/天子所讲的这些话，他们脸上露出了各异神色。
很显然，别看他们此前从没踏足过南京城，但是在京城所在，关于南京的种种他们是有所了解的。
眼下的南京，除了应天府，南直隶等地方有司外，还有中枢派驻的一应直属厅外，诸如阁部院寺等一应机构，全都在过去被一点点裁撤掉了。
这直接导致的结果，是一批批留守南京有司官吏被裁撤掉，这其中，有一部分官吏调任别处任职，一部分被查被抓，一部分被杀掉了，这在当时是引起不小震动的，可即便是这样，此事依旧被朱由校坚决的推动下来了。
因为在朱由校看来，两京制经过两百余载的运转与演变，特别是这期间，一些特殊时期下出现的风波，渐渐的叫其走偏掉了。
两京制对于大明而言，不再是为了统治，而成为了大明沉重负担，特别是南京这边，依附着不知多少吸吮大明精血的魑魅魍魉！！
只是两京制太过深入人心，这就跟大明一样。
谁要是在这方面做些文章，那就是冒天下之大不韪。
习惯其实是很可怕的行为举止。
所以在那个时候，即便是朱由校他这个大明天子，也不能上来就把南京的一些制度给废除掉，真要敢这样做，那南京势必出乱，继而是应天府，南直隶，东南诸省，最终将传导到整个大明上下。
为此就有了崔呈秀一行南下，这看似是为了解决浙江抗税，甚至是往前追寻，是整肃仓场、漕运等事宜，可实际上从那个时候开始，朱由校就在推动一件事，把处在特殊位置上的南京拉下神坛！！
这绝非是想要毁了南京，毕竟大明的根是在这里的。
大明国号是在此明确的。
大明体制是在此明确的。